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万見
- PDB-7x8j: Arabidopsis GDP-D-mannose pyrophosphorylase (VTC1) structure (unl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x8j
タイトルArabidopsis GDP-D-mannose pyrophosphorylase (VTC1) structure (unliganded)
要素Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / ascorbic acid / nucleotide sugar / guanylyltransferase / Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose-1-phosphate guanylyltransferase / mannose-1-phosphate guanylyltransferase (GTP) activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / cellulose biosynthetic process / response to ammonium ion / GDP-mannose biosynthetic process / response to ozone / response to jasmonic acid / response to salt stress / response to heat ...mannose-1-phosphate guanylyltransferase / mannose-1-phosphate guanylyltransferase (GTP) activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / cellulose biosynthetic process / response to ammonium ion / GDP-mannose biosynthetic process / response to ozone / response to jasmonic acid / response to salt stress / response to heat / defense response to bacterium / GTP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mannose-1-phosphate guanyltransferase, N-terminal domain / : / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / 3 Solenoid ...Mannose-1-phosphate guanyltransferase, N-terminal domain / : / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Zhao, S. / Zhang, C. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2022
タイトル: Crystal Structures of Arabidopsis thaliana GDP-D-Mannose Pyrophosphorylase VITAMIN C DEFECTIVE 1.
著者: Zhang, C. / Zhao, S. / Li, Y.S. / He, C. / Wang, X. / Liu, L.
履歴
登録2022年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
B: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,31319
ポリマ－82,6802
非ポリマー1,63317
水55831
1
A: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,30111
ポリマ－41,3401
非ポリマー96110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15250 Å2
手法PISA
2
B: Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0138
ポリマ－41,3401
非ポリマー6727
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.519, 146.862, 70.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mannose-1-phosphate guanylyltransferase 1 / GDP-mannose pyrophosphorylase 1 / Protein CYTOKINESIS DEFECTIVE 1 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 101 / ...GDP-mannose pyrophosphorylase 1 / Protein CYTOKINESIS DEFECTIVE 1 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 101 / Protein HYPERSENSITIVE TO AMMONIUM ION 1 / Protein SENSITIVE TO OZONE 1 / Protein VITAMIN C DEFECTIVE 1


分子量: 41340.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CYT1, EMB101, GMP1, HSN1, SOZ1, VTC1, At2g39770, T5I7.7
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O22287, mannose-1-phosphate guanylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: bis-tris, PEG 3350, lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.798→50 Å / Num. obs: 21924 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 63.63 Å2 / CC1/2: 0.967 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2165 / CC1/2: 0.881 / Rpim(I) all: 0.31 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D72

7d72


解像度: 2.798→32.633 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 1091 4.99 %
Rwork0.2148 20788 -
obs0.2169 21879 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.53 Å2 / Biso mean: 63.7663 Å2 / Biso min: 37.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.798→32.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5430 0 85 31 5546
Biso mean--74.26 57.48 -
残基数----713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5647610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9212069
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.798-2.92520.351440.3006247496
2.9252-3.07930.38321460.30792605100
3.0793-3.27210.35171280.28752604100
3.2721-3.52440.34841340.252621100
3.5244-3.87860.26771390.22282595100
3.8786-4.43860.21391340.19182645100
4.4386-5.58770.2081320.1766260499
5.5877-32.6330.22181340.1885264099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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