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- PDB-7x86: The crystal structure of PloI4-F124L in complex with endo-4+2 adduct -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x86
タイトルThe crystal structure of PloI4-F124L in complex with endo-4+2 adduct
要素PloI4
キーワードLIGASE / PloI4 / mutant / 4+2 Cyclase / endo-4+2 adduct
機能・相同性AOC barrel-like / Allene oxide cyclase-like / Beta Barrel / Mainly Beta / Chem-A3I
機能・相同性情報
生物種Micromonospora sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Li, M. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21822705 中国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: A cyclase that catalyses competing 2 + 2 and 4 + 2 cycloadditions.
著者: Wang, H. / Zou, Y. / Li, M. / Tang, Z. / Wang, J. / Tian, Z. / Strassner, N. / Yang, Q. / Zheng, Q. / Guo, Y. / Liu, W. / Pan, L. / Houk, K.N.
履歴
登録2022年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PloI4
B: PloI4
C: PloI4
D: PloI4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8478
ポリマ－61,8574
非ポリマー1,9914
水3,081171
1
A: PloI4
C: PloI4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9244
ポリマ－30,9282
非ポリマー9952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
2
B: PloI4
D: PloI4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9244
ポリマ－30,9282
非ポリマー9952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.980, 88.810, 50.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.730, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
PloI4


分子量: 15464.144 Da / 分子数: 4 / 変異: F124L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: This structure is F124L mutant. / 由来: (組換発現) Micromonospora sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-A3I / (4S,4aS,6aR,8R,9R,10aS,13S,14aS,18aR,18bR,E)-9-ethyl-4,8,19-trihydroxy-10a,12,13,18a-tetramethyl-2,3,4,4a,6a,7,8,9,10,10a,13,14,18a,18b-tetradecahydro-14a,17-(metheno)benzo[b]naphtho[2,1-h][1]azacyclododecine-16,18(1H,15H)-dione


分子量: 497.666 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H43NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.6 M Sodium phosphate monobasic, 400 mM Potassium phosphate dibasic, 100 mM Sodium phosphate dibasic/Citric acid (pH 4.2)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→90.39 Å / Num. obs: 35426 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1720 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7X80

7x80


解像度: 2.303→90.387 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 1709 4.83 %
Rwork0.2118 33693 -
obs0.2138 35402 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.3 Å2 / Biso mean: 56.4254 Å2 / Biso min: 18.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.303→90.387 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4311 0 144 171 4626
Biso mean--63.33 48.94 -
残基数----576
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3031-2.37090.35781390.3093272198
2.3709-2.44740.33381420.2956275897
2.4474-2.53490.33471540.29082797100
2.5349-2.63640.31611430.27112783100
2.6364-2.75640.28531580.26262804100
2.7564-2.90170.27221340.24342803100
2.9017-3.08350.31941320.23852851100
3.0835-3.32160.2911380.22142810100
3.3216-3.65590.24711330.2059283299
3.6559-4.18490.21491500.19042818100
4.1849-5.27250.20161490.15492836100
5.2725-90.3870.21921370.1933288099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.359-0.10.68060.41380.06391.41030.64680.68930.7931-0.23570.08130.3498-0.63990.5-0.29510.5889-0.02220.06370.42410.01890.4344-35.9845-2.99455.4442
21.5360.2056-0.33153.18160.02693.0023-0.0981-0.4551-0.06110.4186-0.2522-0.44060.48650.42440.21680.38490.08310.03140.33870.09970.3689-34.392-26.352633.3784
32.14040.04270.80941.67860.34354.993-0.1539-0.04140.0727-0.17640.07340.0477-0.42080.15080.12970.31280.02970.06030.17020.00620.3067-38.7605-17.560321.4684
41.93780.41812.15632.7470.61956.50830.36760.3422-0.00990.0395-0.51520.26130.25180.69860.03610.2216-0.09790.11180.14420.05720.3668-34.9312-15.221315.9663
52.1303-0.96654.24720.4672-1.91668.4682-0.1465-0.2142-0.16190.41950.1242-0.4405-0.2078-0.1283-0.01870.6404-0.05090.07110.2749-0.03310.3246-42.2917-8.393931.8044
60.90830.3795-0.21841.3614-1.17382.40650.04250.0755-0.02150.0707-0.03030.11790.09650.159-0.01140.214-0.0136-0.00930.1738-0.03610.2711-39.3112-13.138717.6868
72.22660.0384-0.21522.0474-0.70483.38790.43750.4933-0.32640.1279-0.27630.0449-0.9106-0.3569-0.14520.3363-0.06720.05390.2014-0.01430.3763-42.5863-10.056616.8517
80.639-0.5465-0.9022.78790.05761.4644-0.2317-0.7148-1.2074-0.14870.06030.1876-0.09760.2214-0.24740.46020.0546-0.01060.31090.17260.5003-37.4624-0.418319.498
91.03390.3189-0.63510.8202-1.55774.01320.243-0.14670.13470.3033-0.33050.2508-0.79290.175-0.12910.3820.03930.0260.26130.01170.3274-43.10117.74422.5589
102.3122-2.27681.96622.8761-0.68363.99810.0901-0.25350.8536-0.7272-0.3246-0.6743-0.9230.88660.5520.6697-0.19740.06940.60140.10340.5737-24.255425.7456-12.8058
112.95270.6529-1.87171.1464-0.89235.2107-0.1166-0.01870.1230.21210.17810.37520.2449-0.0060.01150.40140.01240.00040.1940.00890.3589-40.583115.67096.9768
122.41841.0989-0.98411.7296-1.33976.2372-0.2912-0.0499-0.3789-0.2938-0.0646-0.17080.78620.80040.13670.38930.08170.03010.23510.06660.33-31.280910.70080.8002
133.1276-0.5045-2.75332.03850.12184.7997-0.0422-0.26190.1951-0.11040.0861-0.3166-0.27020.44140.040.3708-0.0098-0.08080.1932-0.02040.3609-33.743211.441810.5218
141.55540.3041-3.30640.0829-0.80598.261-0.26660.0447-0.0719-0.79210.29150.04410.32820.03140.04510.76010.0061-0.02760.1891-0.07640.4156-39.8994.6751-6.0036
151.16670.0764-0.83371.8512-0.27631.4389-0.0845-0.13620.0593-0.1378-0.02450.1838-0.24420.17560.04190.40480.0278-0.01750.2131-0.00780.3163-38.12919.19918.4954
161.5925-0.37910.01654.82-0.76664.19180.25690.00690.04220.0017-0.01140.46830.7275-0.3891-0.04470.3242-0.0053-0.00290.19820.02430.3476-40.94126.65289.1758
170.60261.59181.96294.58655.7727.28780.5185-0.3488-0.3719-0.08980.214-0.70060.02640.4064-0.64020.5409-0.11060.06321.314-0.05630.7521-12.1062-20.06067.8149
180.6591-0.7333-1.56382.83511.05753.91040.30070.50850.2090.4069-0.4807-0.71830.6377-0.108-0.1850.4083-0.0361-0.06821.1163-0.0070.5061-13.3295-15.779430.0421
195.4781-0.1408-0.39714.73741.25335.19470.2004-1.22330.04370.7047-0.19520.1204-0.55760.07330.15960.37510.03310.01890.5716-0.02780.3834-36.0215-17.503542.5926
205.4622.5464-3.19931.6576-1.68562.62520.39020.37970.21160.0455-0.2534-0.2137-0.38980.7853-0.09740.33370.0080.04410.92490.11490.4949-14.6156-14.595325.2888
213.24981.0825-2.81166.3858-2.4625.00940.5529-0.48380.35370.2867-0.69280.83820.21310.6036-0.02390.22120.0298-0.0560.3822-0.06830.3194-24.6241-21.850424.7703
222.00770.4227-0.41452.6364-1.06494.47030.0727-0.0432-0.14970.3636-0.0403-0.1483-0.1651.084-0.04530.30140.0845-0.00440.64270.01570.357-19.4498-19.282417.6923
230.5167-0.95710.96884.4905-1.34117.30370.0641-0.3884-0.42210.0346-0.4147-0.74911.33531.2312-0.10980.21050.0199-0.04071.08990.15810.5046-11.3225-21.466324.7692
240.1322-0.7762-0.14184.50050.85080.153-0.2114-0.40890.1390.7845-0.04230.9241-0.3545-0.00130.14650.7314-0.1203-0.00391.7150.05120.6729-14.693114.884124.1249
253.748-0.73030.3241.5557-0.16412.9159-0.01730.6448-0.2605-0.3751-0.0421-0.22350.16780.87060.01010.53740.01070.12550.5391-0.0040.4182-23.924213.0314-10.3281
263.5409-2.02472.59292.8667-0.63184.55290.2717-0.0752-0.35370.0312-0.08650.15990.21310.7503-0.20750.3418-0.09330.05380.64820.03880.3395-16.320113.4563.2169
271.7572-0.6060.94922.47420.31472.1639-0.0314-0.00580.0973-0.0397-0.1311-0.19830.00610.96410.10470.3586-0.05320.0150.71470.05780.4441-15.322216.11368.3256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 11 )A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 12 through 40 )A12 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 83 )A41 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 96 )A84 - 96
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 97 through 103 )A97 - 103
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 104 through 133 )A104 - 133
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 134 through 145 )A134 - 145
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 11 )B2 - 11
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 12 through 21 )B12 - 21
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 22 through 40 )B22 - 40
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 41 through 67 )B41 - 67
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 68 through 83 )B68 - 83
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 84 through 96 )B84 - 96
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 97 through 103 )B97 - 103
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 104 through 133 )B104 - 133
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 134 through 145 )B134 - 145
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 4 through 11 )C4 - 11
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 12 through 21 )C12 - 21
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 22 through 40 )C22 - 40
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 41 through 67 )C41 - 67
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 68 through 83 )C68 - 83
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 84 through 124 )C84 - 124
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 125 through 145 )C125 - 145
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 1 through 11 )D1 - 11
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 12 through 40 )D12 - 40
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 41 through 83 )D41 - 83
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 84 through 145 )D84 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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