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- PDB-7x81: The crystal structure of PloI4-C16M/D46A/I137V in complex with ex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x81
タイトルThe crystal structure of PloI4-C16M/D46A/I137V in complex with exo-2+2 adduct
要素PloI4
キーワードLYASE / PloI4 / mutant / 2+2 Cyclase / exo-2+2 adduct
機能・相同性AOC barrel-like / Allene oxide cyclase-like / Beta Barrel / Mainly Beta / Chem-9LC
機能・相同性情報
生物種Micromonospora sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Li, M. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21822705 中国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: A cyclase that catalyses competing 2 + 2 and 4 + 2 cycloadditions.
著者: Wang, H. / Zou, Y. / Li, M. / Tang, Z. / Wang, J. / Tian, Z. / Strassner, N. / Yang, Q. / Zheng, Q. / Guo, Y. / Liu, W. / Pan, L. / Houk, K.N.
履歴
登録2022年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PloI4
B: PloI4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9324
ポリマ－30,9362
非ポリマー9952
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.590, 175.920, 50.694
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-341-

HOH

21B-374-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PloI4


分子量: 15468.177 Da / 分子数: 2 / 変異: C16M/D46A/I137V / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: This structure is C16M/D46A/I137V mutant. / 由来: (組換発現) Micromonospora sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-9LC / (4S,4aS,6aR,8R,9R,11E,12aR,14aS,17E,18aR,18bR)-9-ethyl-4,8,19-trihydroxy-11,12a,13,18a-tetramethyl-2,3,4,4a,6a,7,8,9,10,12a,13,14,18a,18b-tetradecahydro-14a,17-(metheno)cyclobuta[b]naphtho[2,1-j][1]azacyclotetradecine-16,18(1H,15H)-dione


分子量: 497.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H43NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.83 M Malonic acid, 0.25 M Ammonium citrate tribasic, 0.12 M Succinic acid, 0.3 M DL-Malic acid, 0.4 M Sodium acetate trihydrate, 0.5 M Sodium formate, 0.16 M Ammonium tartrate dibasic, pH 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→76.235 Å / Num. obs: 22436 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 1.321 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1081 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7X80

7x80


解像度: 2.104→76.235 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1145 5.1 %
Rwork0.1768 21284 -
obs0.1789 22429 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.36 Å2 / Biso mean: 35.358 Å2 / Biso min: 10.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.104→76.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2144 0 158 194 2496
Biso mean--38.8 37.99 -
残基数----286
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.104-2.19980.25561450.21482632
2.1998-2.31580.25681640.20462575
2.3158-2.46090.27091370.20832614
2.4609-2.65090.26871320.21162653
2.6509-2.91760.25361480.19072633
2.9176-3.33980.22431450.1762667
3.3398-4.20780.17661230.14882705
4.2078-76.2350.17811510.15822805
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4619-0.61040.6841.07850.25391.6819-0.02750.2386-0.1403-0.1261-0.07740.199-0.05160.0162-0.04580.1475-0.014-0.01580.2036-0.00360.2168-32.5261-37.3719-11.7381
21.74022.0494-0.04864.19371.2311.40360.0696-0.42670.06610.4245-0.1829-0.8674-0.19760.57630.11210.2694-0.0623-0.12960.3428-0.02710.3185-15.1099-23.775211.268
31.0390.01120.19981.06210.26062.0441-0.05830.01550.0056-0.0053-0.0288-0.0296-0.062-0.09370.05220.06510.0327-0.00360.1555-0.00480.1594-27.9669-35.0209-7.7301
40.7169-0.2301-0.15070.6124-0.13771.6557-0.0023-0.0632-0.06390.0080.06870.1140.0017-0.2654-0.09830.0741-0.00050.00620.1732-0.0030.1846-33.3733-37.3148-8.3433
51.3265-0.4640.75310.68720.68332.173-0.17070.10030.4634-0.19660.2348-0.0406-0.6084-0.0261-0.02310.5377-0.0213-0.04110.20280.0440.3356-26.8434-9.4288-7.9662
62.0393-0.3859-0.92162.6731-0.41372.2391-0.2686-0.19670.02490.57370.34390.1432-0.152-0.30520.03320.25470.0409-0.0290.26190.00530.1586-27.2234-32.052614.2452
71.4369-1.48761.02934.1377-2.05261.5055-0.0053-0.04130.08190.005-0.09120.1529-0.5608-0.0478-0.05550.3980.0758-0.07040.1412-0.05910.2129-29.6965-11.5686-4.2385
80.95520.0360.28251.27530.17822.1611-0.23140.01540.2358-0.0738-0.0201-0.0919-0.61690.0990.17040.2738-0.0118-0.03320.15230.01290.2571-24.3869-16.6734-7.7857
93.68170.74760.20512.16051.71591.4477-0.33360.39620.4615-0.09120.4664-0.3878-0.5070.426-0.4950.4657-0.073-0.10940.17210.05330.3098-23.8111-10.6224-11.3825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 21 )A1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 40 )A22 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 96 )A41 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 97 through 145 )A97 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 21 )B5 - 21
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 22 through 40 )B22 - 40
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 41 through 67 )B41 - 67
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 68 through 133 )B68 - 133
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 134 through 145 )B134 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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