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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x7w | ||||||||||||
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タイトル | The X-ray Crystallographic Structure of D-Psicose 3-epimerase from Clostridia bacterium | ||||||||||||
要素 | D-PSICOSE 3-EPIMERASE | ||||||||||||
キーワード | ISOMERASE / D-Psicose 3-epimerase | ||||||||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Clostridia bacterium (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.097 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Li, Z.F. / Ban, X.F. / Xie, X.F. / Tian, Y.X. / Li, C.M. / Gu, Z.B. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2022 タイトル: Crystal structure of a novel homodimeric D-allulose 3-epimerase from a Clostridia bacterium 著者: Xie, X. / Tian, Y. / Ban, X. / Li, C. / Yang, H. / Li, Z. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x7w.cif.gz | 126.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x7w.ent.gz | 97.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x7w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x7w_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x7w_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x7w_validation.xml.gz | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x7w_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/7x7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/7x7w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3vnkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32348.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridia bacterium (バクテリア) 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Succine acid pH 7.0, 0.1 M HEPES pH7.0, 1% w/v PEG MME 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→37.95 Å / Num. obs: 37135 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 34.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 30.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.124 / Num. unique obs: 2994 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3VNK 解像度: 2.097→37.939 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 34.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96 Å2 / Biso mean: 50.2439 Å2 / Biso min: 27.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.097→37.939 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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