[日本語] English
万見
- PDB-7x7l: Crystal structure of ZmHPPD-Y13161 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x7l
タイトルCrystal structure of ZmHPPD-Y13161 complex
要素4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / L-tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-94L / : / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.887 Å
データ登録者Lin, H.-Y. / Dong, J. / Yang, G.-F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Adv Agrochem / 年: 2022
タイトル: Structural insights of 4-Hydrophenylpyruvate dioxygenase inhibition by structurally diverse small molecules
著者: Dong, J. / Dong, J. / Yu, X.H. / Yan, Y.C. / Nan, J.X. / He, B. / Ye, B.Q. / Yang, W.C. / Lin, H.Y. / Yang, G.F.
履歴
登録2022年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
C: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
D: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,83512
ポリマ－187,9264
非ポリマー1,9108
水26,3381462
1
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9186
ポリマ－93,9632
非ポリマー9554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
D: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9186
ポリマ－93,9632
非ポリマー9554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.952, 83.428, 85.610
Angle α, β, γ (deg.)89.78, 97.46, 107.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase


分子量: 46981.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ZEAMMB73_Zm00001d015356
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1D6H1G0
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物
ChemComp-94L / 3-(2,6-dimethylphenyl)-1-methyl-6-(2-oxidanyl-6-oxidanylidene-cyclohexen-1-yl)carbonyl-quinazoline-2,4-dione


分子量: 418.442 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium acetate 4.6, 8% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.887→50 Å / Num. obs: 109886 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.887→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.316 / Num. unique obs: 8132 / CC1/2: 0.816

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SP8

1sp8


解像度: 1.887→45.615 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 21.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2075 5495 5 %
Rwork0.173 --
obs0.1747 109872 96.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.887→45.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10823 0 128 1471 12422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97615263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3576444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062043
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8871-1.90860.30621620.24423066X-RAY DIFFRACTION85
1.9086-1.9310.27921840.22123491X-RAY DIFFRACTION96
1.931-1.95460.29751820.2183461X-RAY DIFFRACTION97
1.9546-1.97930.22641830.20673474X-RAY DIFFRACTION96
1.9793-2.00540.24711800.19573424X-RAY DIFFRACTION96
2.0054-2.03280.27471830.19773480X-RAY DIFFRACTION97
2.0328-2.06190.23171840.19973499X-RAY DIFFRACTION97
2.0619-2.09270.23481830.19273469X-RAY DIFFRACTION97
2.0927-2.12540.23311820.19163460X-RAY DIFFRACTION97
2.1254-2.16020.2271840.18853500X-RAY DIFFRACTION96
2.1602-2.19750.25061810.18793442X-RAY DIFFRACTION97
2.1975-2.23740.24811840.18193488X-RAY DIFFRACTION97
2.2374-2.28050.21861840.18053495X-RAY DIFFRACTION98
2.2805-2.3270.24491840.17853507X-RAY DIFFRACTION97
2.327-2.37760.23921830.18953464X-RAY DIFFRACTION97
2.3776-2.43290.24681850.18993510X-RAY DIFFRACTION97
2.4329-2.49370.24111830.18693493X-RAY DIFFRACTION98
2.4937-2.56120.21731850.17533511X-RAY DIFFRACTION97
2.5612-2.63650.21911830.18363469X-RAY DIFFRACTION98
2.6365-2.72160.19931870.18693552X-RAY DIFFRACTION98
2.7216-2.81890.24651850.18323520X-RAY DIFFRACTION98
2.8189-2.93170.22821830.18593474X-RAY DIFFRACTION98
2.9317-3.06510.21791850.18283519X-RAY DIFFRACTION98
3.0651-3.22670.20861850.17123513X-RAY DIFFRACTION98
3.2267-3.42880.2041830.16453479X-RAY DIFFRACTION97
3.4288-3.69340.15861860.1563532X-RAY DIFFRACTION98
3.6934-4.06490.18581840.14693492X-RAY DIFFRACTION98
4.0649-4.65260.15221850.13363523X-RAY DIFFRACTION98
4.6526-5.85980.15891860.14633522X-RAY DIFFRACTION98
5.8598-45.6150.16691870.16473548X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る