PDB-7x7k: Ancestral L-Lys oxidase (AncLLysO-2) L-Arg binding form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x7k

タイトル

Ancestral L-Lys oxidase (AncLLysO-2) L-Arg binding form

要素

FAD dependent enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / L-Lys oxidase / Ancestral Sequence Reconstruction / L-Arg binding form

機能・相同性

ARGININE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Motoyama, T. / Ishida, C. / Hasebe, F. / Ito, S. / Nakano, S.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Reaction Mechanism of Ancestral l-Lys alpha-Oxidase from Caulobacter Species Studied by Biochemical, Structural, and Computational Analysis
著者: Motoyama, T. / Yamamoto, Y. / Ishida, C. / Hasebe, F. / Kawamura, Y. / Shigeta, Y. / Ito, S. / Nakano, S.

履歴

登録	2022年3月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x7k.cif.gz	281.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x7k.ent.gz	213.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/7x7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/7x7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x7iSC 7x7jC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FAD dependent enzyme

B: FAD dependent enzyme

ヘテロ分子

132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.258, 77.214, 93.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.334, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	FAD dependent enzyme 分子量: 65161.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→45.2 Å / Num. obs: 140292 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 26.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / Num. unique obs: 18995 / CC_1/2: 0.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7X7I

7x7i

解像度: 1.6→45.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.576 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186	7018	5.003 %
R_work	0.152	133247	-
all	0.154	-	-
obs	-	140292	98.1 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.941 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	0 Å²	0.001 Å²
2-	-	-0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9024	0	130	1530	10684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	9428
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.739	1.647	12928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.574	1.566	18790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.78	5	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.595	23.16	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.924	15	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.733	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	8131
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	4827
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	3940
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.156	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.789	1.743	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.788	1.743	4667
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.603	2.614	5828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.603	2.614	5829
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.413	1.912	4760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.408	1.912	4760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.594	2.798	7100
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.59	2.798	7100
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.289	22.539	11710
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.978	21.364	11169

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.601-1.643	0.281	421	0.234	8580	X-RAY DIFFRACTION	85.1158
1.643-1.688	0.231	469	0.199	9510	X-RAY DIFFRACTION	96.8083
1.688-1.737	0.238	490	0.184	9287	X-RAY DIFFRACTION	98.3008
1.737-1.79	0.204	489	0.168	9055	X-RAY DIFFRACTION	98.4019
1.79-1.849	0.207	456	0.165	8838	X-RAY DIFFRACTION	98.5369
1.849-1.914	0.209	469	0.161	8524	X-RAY DIFFRACTION	98.6832
1.914-1.986	0.191	424	0.15	8312	X-RAY DIFFRACTION	98.8795
1.986-2.067	0.187	444	0.148	7906	X-RAY DIFFRACTION	98.9571
2.067-2.159	0.171	380	0.143	7706	X-RAY DIFFRACTION	99.1661
2.159-2.264	0.181	363	0.142	7370	X-RAY DIFFRACTION	99.2301
2.264-2.387	0.175	358	0.135	6962	X-RAY DIFFRACTION	99.4565
2.387-2.531	0.166	367	0.134	6604	X-RAY DIFFRACTION	99.5288
2.531-2.706	0.175	322	0.137	6222	X-RAY DIFFRACTION	99.6043
2.706-2.923	0.185	304	0.144	5829	X-RAY DIFFRACTION	99.7885
2.923-3.201	0.193	302	0.149	5355	X-RAY DIFFRACTION	99.8588
3.201-3.578	0.17	274	0.151	4838	X-RAY DIFFRACTION	99.9023
3.578-4.131	0.147	234	0.137	4290	X-RAY DIFFRACTION	99.9779
4.131-5.057	0.188	213	0.144	3655	X-RAY DIFFRACTION	100
5.057-7.14	0.205	153	0.191	2832	X-RAY DIFFRACTION	99.933
7.14-45.2	0.215	86	0.17	1572	X-RAY DIFFRACTION	97.7018

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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