PDB-7x7i: Ancestral L-Lys oxidase (AncLLysO-2) ligand free form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x7i

タイトル

Ancestral L-Lys oxidase (AncLLysO-2) ligand free form

要素

FAD dependent enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ancestral Sequence Reconstruction / ligand free form

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Motoyama, T. / Ishida, C. / Hasebe, F. / Ito, S. / Nakano, S.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Reaction Mechanism of Ancestral l-Lys alpha-Oxidase from Caulobacter Species Studied by Biochemical, Structural, and Computational Analysis
著者: Motoyama, T. / Yamamoto, Y. / Ishida, C. / Hasebe, F. / Kawamura, Y. / Shigeta, Y. / Ito, S. / Nakano, S.

履歴

登録	2022年3月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x7i.cif.gz	276.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x7i.ent.gz	210.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x7i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x7i_validation.pdf.gz	902.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x7i_full_validation.pdf.gz	909.7 KB	表示
XML形式データ	7x7i_validation.xml.gz	54.9 KB	表示
CIF形式データ	7x7i_validation.cif.gz	85.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/7x7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/7x7i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x7jC 7x7kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FAD dependent enzyme

B: FAD dependent enzyme

ヘテロ分子

132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.246, 76.533, 92.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.389, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	FAD dependent enzyme 分子量: 65161.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.14 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1 M NDSB-256

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→44.9 Å / Num. obs: 155511 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.63 Å / Num. unique obs: 22407 / CC_1/2: 0.952

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→44.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.591 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	7653	4.93 %
R_work	0.163	147590	-
all	0.164	-	-
obs	-	155157	99.1 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	0 Å²	-0.004 Å²
2-	-	0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→44.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9024	0	106	1365	10495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	9406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8074
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.775	1.646	12902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.561	1.565	18726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.834	5	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.802	23.266	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.824	15	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.976	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	7998
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	4748
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	3898
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.033	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.256	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.856	1.825	4662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.846	1.825	4661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.684	2.739	5824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.684	2.739	5825
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.388	1.975	4744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.389	1.975	4741
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.519	2.897	7078
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.519	2.897	7079
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.386	23.318	11488
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.085	22.268	11040

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.589	0.29	542	0.244	10616	X-RAY DIFFRACTION	97.1951
1.589-1.633	0.269	547	0.228	10597	X-RAY DIFFRACTION	99.5978
1.633-1.68	0.226	555	0.204	10268	X-RAY DIFFRACTION	99.6318
1.68-1.732	0.227	521	0.204	9991	X-RAY DIFFRACTION	99.7249
1.732-1.789	0.242	498	0.192	9763	X-RAY DIFFRACTION	99.7764
1.789-1.851	0.208	462	0.179	9395	X-RAY DIFFRACTION	99.7874
1.851-1.921	0.216	461	0.178	9116	X-RAY DIFFRACTION	99.8644
1.921-2	0.217	445	0.17	8771	X-RAY DIFFRACTION	99.9458
2-2.088	0.217	386	0.173	8436	X-RAY DIFFRACTION	99.9207
2.088-2.19	0.197	421	0.161	8056	X-RAY DIFFRACTION	99.9764
2.19-2.309	0.188	391	0.151	7632	X-RAY DIFFRACTION	99.9875
2.309-2.449	0.168	397	0.145	7230	X-RAY DIFFRACTION	99.9738
2.449-2.618	0.181	365	0.145	6809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.618-2.827	0.174	370	0.145	6293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-3.097	0.172	310	0.154	5847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.097-3.462	0.174	294	0.153	5285	X-RAY DIFFRACTION	99.9821
3.462-3.996	0.153	239	0.14	4677	X-RAY DIFFRACTION	99.9797
3.996-4.892	0.144	206	0.135	3964	X-RAY DIFFRACTION	100
4.892-6.908	0.225	161	0.183	3103	X-RAY DIFFRACTION	99.9694
6.908-44.9	0.216	82	0.172	1741	X-RAY DIFFRACTION	98.7541

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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