PDB-7x7h: Crystal structure of Fructose regulator/Histidine phosphocarrier ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x7h

タイトル

Crystal structure of Fructose regulator/Histidine phosphocarrier protein complex from Vibrio cholerae

要素

Catabolite repressor/activator
HPr family phosphocarrier protein

キーワード

GENE REGULATION/TRANSFERASE / PTS / Vibrio / fructose / transcriptional regulator / GalR/LacI / HPr / GENE REGULATION / GENE REGULATION-TRANSFERASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / response to fructose / transferase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kim, M.-K. / Zhang, J. / Yoon, C.-K. / Seok, Y.-J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: HPr prevents FruR-mediated facilitation of RNA polymerase binding to the fru promoter in Vibrio cholerae.
著者: Yoon, C.K. / Lee, S.H. / Zhang, J. / Lee, H.Y. / Kim, M.K. / Seok, Y.J.

履歴

登録	2022年3月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x7h.cif.gz	419.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x7h.ent.gz	348.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x7h_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x7h_full_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示
XML形式データ	7x7h_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	7x7h_validation.cif.gz	45.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/7x7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/7x7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rzrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (6) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Catabolite repressor/activator

B: HPr family phosphocarrier protein

C: Catabolite repressor/activator

D: HPr family phosphocarrier protein

ヘテロ分子

92 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.940, 62.355, 312.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Catabolite repressor/activator 分子量: 36033.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: cra, D6U24_17570, EYB64_06550, FLM02_11955, FXE67_10910, HPY07_16365 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F0B292
#2: タンパク質	HPr family phosphocarrier protein / PTS sugar transporter / Phosphocarrier protein HPr 分子量: 9950.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: ptsH, BC353_05360, D6U24_08050, ERS013138_01023, ERS013165_01775, ERS013166_02939, ERS013186_02269, ERS013193_00498, ERS013198_00582, ERS013199_02080, ERS013200_03874, ERS013201_03670, ...遺伝子: ptsH, BC353_05360, D6U24_08050, ERS013138_01023, ERS013165_01775, ERS013166_02939, ERS013186_02269, ERS013193_00498, ERS013198_00582, ERS013199_02080, ERS013200_03874, ERS013201_03670, ERS013202_02606, ERS013206_00437, ERS013207_01739, EYB64_14625, F0315_00300, F0H40_04200, F0M16_13080, FLM02_01405, FLM12_04230, FXE67_16935, HPY07_09360 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A085PY40, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: calcium acetate, PEG 3350, spermidine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 46109 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.996 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.138 / Χ²: 0.05 / Net I/av σ(I): 31.294 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	7.6	0.801	4.733	4221	0.877	0.967	0.224	0.855	1.381	100
2.03-2.07	7.6	0.658		4311					1.413	100
2.07-2.11	7.6	0.561		4378					1.494	100
2.11-2.15	7.6	0.511		4298					1.519	100
2.15-2.2	7.6	0.442		4267					1.517	100
2.2-2.25	7.6	0.416		4374					1.567	100
2.25-2.31	7.6	0.386		4284					1.588	100
2.31-2.37	7.6	0.336		4323					1.608	100
2.37-2.44	7.6	0.303		4364					1.634	100
2.44-2.52	7.6	0.258		4217					1.686	100
2.52-2.61	7.6	0.238		4412					1.673	100
2.61-2.71	7.6	0.213		4278					1.746	100
2.71-2.84	7.7	0.181		4366					1.816	100
2.84-2.99	7.6	0.145		4224					1.896	100
2.99-3.17	7.7	0.115		4320					2.02	100
3.17-3.42	7.6	0.087		4359					2.141	100
3.42-3.76	7.6	0.076		4307					2.324	100
3.76-4.31	7.6	0.063		4294					2.487	100
4.31-5.43	7.6	0.059		4325					2.403	100
5.43-50	7.3	0.061		4327					2.744	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RZR

1rzr

解像度: 2→31.13 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.91 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	2000	4.34 %
R_work	0.1788	-	-
obs	0.1809	46109	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→31.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5440	0	2	446	5888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.939
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.589	756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	876
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	978

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.2881	135	0.2346	2978	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.11	0.2504	141	0.1993	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.17	0.2661	141	0.1942	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.248	140	0.1859	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.32	0.2456	140	0.1905	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.41	0.2662	143	0.1895	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.2348	139	0.1844	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.66	0.2491	143	0.1888	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.82	0.2316	144	0.1883	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.04	0.2391	142	0.1952	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.34	0.2472	143	0.1758	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.83	0.2104	147	0.1591	3215	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.82	0.1528	147	0.1414	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-31.13	0.2346	155	0.1914	3425	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.4218 Å / Origin y: -14.2757 Å / Origin z: 41.0611 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0837 Å²	0.0052 Å²	-0.0074 Å²	-	0.1443 Å²	0.0011 Å²	-	-	0.1652 Å²
L	0.3284 °²	0.026 °²	-0.1031 °²	-	0.6115 °²	0.0339 °²	-	-	0.8246 °²
S	-0.0248 Å °	0.0365 Å °	0.0338 Å °	-0.0523 Å °	0.0457 Å °	0.0144 Å °	-0.0328 Å °	-0.0103 Å °	-0.0213 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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