[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7x7h: Crystal structure of Fructose regulator/Histidine phosphocarrier ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7x7h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Fructose regulator/Histidine phosphocarrier protein complex from Vibrio cholerae | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | GENE REGULATION/TRANSFERASE / PTS / Vibrio / fructose / transcriptional regulator / GalR/LacI / HPr / GENE REGULATION / GENE REGULATION-TRANSFERASE complex | ||||||
Function / homology | ![]() Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Protein-serine/threonine kinases / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / response to fructose / transferase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, M.-K. / Zhang, J. / Yoon, C.-K. / Seok, Y.-J. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: HPr prevents FruR-mediated facilitation of RNA polymerase binding to the fru promoter in Vibrio cholerae. Authors: Yoon, C.K. / Lee, S.H. / Zhang, J. / Lee, H.Y. / Kim, M.K. / Seok, Y.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 419.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 348.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1rzrS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 36033.949 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: cra, D6U24_17570, EYB64_06550, FLM02_11955, FXE67_10910, HPY07_16365 Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 9950.281 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: ptsH, BC353_05360, D6U24_08050, ERS013138_01023, ERS013165_01775, ERS013166_02939, ERS013186_02269, ERS013193_00498, ERS013198_00582, ERS013199_02080, ERS013200_03874, ERS013201_03670, ...Gene: ptsH, BC353_05360, D6U24_08050, ERS013138_01023, ERS013165_01775, ERS013166_02939, ERS013186_02269, ERS013193_00498, ERS013198_00582, ERS013199_02080, ERS013200_03874, ERS013201_03670, ERS013202_02606, ERS013206_00437, ERS013207_01739, EYB64_14625, F0315_00300, F0H40_04200, F0M16_13080, FLM02_01405, FLM12_04230, FXE67_16935, HPY07_09360 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A085PY40, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Protein-serine/threonine kinases #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Description: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: microbatch / Details: calcium acetate, PEG 3350, spermidine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Nov 16, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 46109 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.6 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.996 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 0.05 / Net I/av σ(I): 31.294 / Net I/σ(I): 6.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1RZR Resolution: 2→31.13 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.91 / Stereochemistry target values: ML Details: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→31.13 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -8.4218 Å / Origin y: -14.2757 Å / Origin z: 41.0611 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |