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- PDB-7x78: L-fuculose 1-phosphate aldolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x78
タイトルL-fuculose 1-phosphate aldolase
要素L-fuculose phosphate aldolase
キーワードLYASE / Fuculose 1-phosphate aldolase / Enzyme activity / Klebsiella pneumoniae.
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinose catabolic process / L-fuculose-phosphate aldolase / L-fuculose-phosphate aldolase activity / L-fucose catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
L-fucose phosphate aldolase / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L-fuculose phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lou, X. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870053 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800627 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of an L-fuculose-1-phosphate aldolase from Klebsiella pneumoniae.
著者: Lou, X. / Zhang, J. / Liu, S. / Wang, R. / Li, W. / Liu, R. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2022年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-fuculose phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0805
ポリマ－23,7671
非ポリマー3124
水2,864159
1
A: L-fuculose phosphate aldolase
ヘテロ分子

A: L-fuculose phosphate aldolase
ヘテロ分子

A: L-fuculose phosphate aldolase
ヘテロ分子

A: L-fuculose phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,31920
ポリマ－95,0694
非ポリマー1,25016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area9350 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area32620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.614, 92.614, 41.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 L-fuculose phosphate aldolase / D-ribulose-phosphate aldolase / L-fuculose-1-phosphate aldolase


分子量: 23767.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6TD81, L-fuculose-phosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.01 M MgCl2, 0.05 M Tris pH 7.5, 1.6 M (NH4)2SO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 15994 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 17.99 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 25.66
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 787 / CC1/2: 0.945 / Rpim(I) all: 0.142 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FUA

1fua


解像度: 1.85→25.78 Å / SU ML: 0.1884 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.2721
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 1596 10 %
Rwork0.1641 14362 -
obs0.1694 15958 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→25.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1572 0 16 163 1751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00641619
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79062205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0514256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6269217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.910.27111410.1951273X-RAY DIFFRACTION99.02
1.91-1.980.24261400.18391263X-RAY DIFFRACTION99.72
1.98-2.060.24171430.16741281X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.160.21161430.16871282X-RAY DIFFRACTION99.93
2.16-2.270.24731430.15851288X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.410.23131420.16551287X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.60.19961460.16711307X-RAY DIFFRACTION99.93
2.6-2.860.25331440.16211291X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.270.22521470.15961329X-RAY DIFFRACTION100
3.27-4.120.18591480.14681331X-RAY DIFFRACTION100
4.12-25.780.20251590.16971430X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.4201583678 Å / Origin y: 51.0788374666 Å / Origin z: 27.6574634293 Å
111213212223313233
T0.129993584546 Å20.0257365921088 Å20.0109615234252 Å2-0.0837253109548 Å20.0218066678845 Å2--0.120026683981 Å2
L2.12669095091 °20.0111847866778 °20.883344772174 °2-0.965791281647 °20.346653575651 °2--2.3022393431 °2
S0.15522118842 Å °0.136431524903 Å °-0.0306157196151 Å °-0.158410534502 Å °-0.095544471726 Å °-0.00254732540088 Å °0.156835606541 Å °-0.0531233671964 Å °-0.0569529164847 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 1 through 206)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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