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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x72 | ||||||
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タイトル | SFTSV 5 fold pentamer | ||||||
![]() | (Envelopment polyprotein) x 2 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / SFTSV / virus / glycoproteins / assembly | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | ||||||
![]() | Sun, Z. / Lou, Z. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus. 著者: Zixian Sun / Jing Cheng / Yuan Bai / Lin Cao / Daoxin Xie / Fei Deng / Xinzheng Zhang / Zihe Rao / Zhiyong Lou / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 33030MC ![]() 7x6uC ![]() 7x6wC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
| x 5
2 |
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3 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C5 (5回回転対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61745.293 Da / 分子数: 1 / 断片: Gn / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 細胞株: Vero / 参照: UniProt: A0A1S6XXI4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 54927.797 Da / 分子数: 1 / 断片: Gc / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 細胞株: Vero / 参照: UniProt: A0A1S6XXK1 |
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: SFTSV- HBMC5_human_2016 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.38 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 |
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CTF補正 |
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3次元再構成 | 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118467 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 7.2 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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