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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x6s | ||||||
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タイトル | lymphocytic choriomeningitis virus RNA-dependent RNA polymerase (LCMV-L protein) | ||||||
要素 | RNA-directed RNA polymerase L | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / L protein / monomer / RdRp / NSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, L. / Lou, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023 タイトル: Structure basis for allosteric regulation of lymphocytic choriomeningitis virus polymerase function by Z matrix protein. 著者: Lu Liu / Panpan Wang / Aijun Liu / Leike Zhang / Liming Yan / Yu Guo / Gengfu Xiao / Zihe Rao / Zhiyong Lou / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x6s.cif.gz | 278.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x6s.ent.gz | 206.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x6s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x6s_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x6s_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x6s_validation.xml.gz | 49.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x6s_validation.cif.gz | 73.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/7x6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/7x6s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33026MC 7x6vC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 254894.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lymphocytic choriomeningitis virus (strain Armstrong) (ウイルス) 株: Armstrong / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A218M2D5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lymphocytic choriomeningitis virus polymerase L protein タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Lymphocytic choriomeningitis virus (strain Armstrong) (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.3 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112276 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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