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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x68
タイトルCYS179 and CYS504 of CRMP2 were covalently binded by a Sesquiterpene lactone
要素Dihydropyrimidinase-related protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / inhibitor / covalent binding / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / CRMPs in Sema3A signaling / nucleobase-containing compound metabolic process / Recycling pathway of L1 / cytoskeleton organization / endocytosis / nervous system development / cell differentiation / cytoskeleton ...dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / CRMPs in Sema3A signaling / nucleobase-containing compound metabolic process / Recycling pathway of L1 / cytoskeleton organization / endocytosis / nervous system development / cell differentiation / cytoskeleton / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BX0 / Dihydropyrimidinase-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, S.D. / Ma, Y.F. / Zhang, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81302651 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CYS179 and CYS504 of CRMP2 were covalently binded by a Sesquiterpene lactone
著者: Zhang, S.D. / Ma, Y.F. / Zhang, J.
履歴
登録2022年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropyrimidinase-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9034
ポリマ－57,3841
非ポリマー5203
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area19880 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)113.649, 113.649, 196.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-763-

HOH

21A-915-

HOH

31A-930-

HOH

41A-943-

HOH

51A-948-

HOH

61A-965-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dihydropyrimidinase-related protein 2 / DRP-2 / Collapsin response mediator protein 2 / CRMP-2 / N2A3 / Unc-33-like phosphoprotein 2 / ULIP-2


分子量: 57383.848 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-525 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPYSL2, CRMP2, ULIP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16555
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-BX0 / (3aR,5S,8R,8aR,9aR)-5,8a-dimethyl-3-methylidene-8-oxidanyl-5,6,7,8,9,9a-hexahydro-3aH-benzo[f][1]benzofuran-2-one / 1beta-Hydroxyalantolactone / 1β-ヒドロキシアラントラクトン


分子量: 248.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 Sodium chloride, 0.1 M Bis-tris Ph5.5; 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.97677 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→98.42 Å / Num. obs: 59704 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 23.75
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.436 / Num. unique obs: 6750 / CC1/2: 0.763

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2gse

2gse


解像度: 1.8→29.027 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.205 / WRfactor Rwork: 0.169 / SU B: 3.197 / SU ML: 0.092 / Average fsc free: 0.8778 / Average fsc work: 0.8915 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 3113 5.217 %
Rwork0.1762 56556 -
all0.178 --
obs-59669 99.925 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.477 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.473 Å2-0 Å20 Å2
2--1.473 Å2-0 Å2
3----2.945 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3779 0 37 266 4082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0123969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.6385402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7915504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45522.75200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.39815665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8181523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22749
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2570.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2060.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0733.2461996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0434.8482507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5683.7111971
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2685.4072894
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.21746.1426072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8470.3362340.3254109X-RAY DIFFRACTION99.908
1.847-1.8970.3312100.2934051X-RAY DIFFRACTION100
1.897-1.9520.3062260.2763894X-RAY DIFFRACTION100
1.952-2.0120.2671910.2433804X-RAY DIFFRACTION100
2.012-2.0780.2521990.2193703X-RAY DIFFRACTION100
2.078-2.1510.2522240.2063559X-RAY DIFFRACTION100
2.151-2.2320.2291820.1923465X-RAY DIFFRACTION99.9726
2.232-2.3230.2312000.1853309X-RAY DIFFRACTION100
2.323-2.4270.2482010.1893172X-RAY DIFFRACTION100
2.427-2.5450.2571550.1783074X-RAY DIFFRACTION100
2.545-2.6830.2431560.1732925X-RAY DIFFRACTION100
2.683-2.8450.2231460.1722780X-RAY DIFFRACTION100
2.845-3.0420.2011380.1672613X-RAY DIFFRACTION100
3.042-3.2850.2391390.1772433X-RAY DIFFRACTION100
3.285-3.5980.1871250.1682257X-RAY DIFFRACTION100
3.598-4.0220.1761010.1482067X-RAY DIFFRACTION100
4.022-4.6430.156910.1241822X-RAY DIFFRACTION100
4.643-5.6830.1911140.1431547X-RAY DIFFRACTION100
5.683-8.0240.152400.151255X-RAY DIFFRACTION100
8.024-29.0270.136410.141717X-RAY DIFFRACTION97.3042

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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