PDB-7x5j: ACP-dependent oxoacyl reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x5j

タイトル

ACP-dependent oxoacyl reductase

要素

3-oxoacyl-ACP reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / reductase / fatty acid biosynthesis / hexamer / combineding with NADP+

機能・相同性

NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / PHENYLALANINE

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Methanoliparum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wang, S. / Bai, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: ACP-dependent oxoacyl reductase
著者: Wang, S. / Bai, L.

履歴

登録	2022年3月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x5j.cif.gz	576.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x5j.ent.gz	469 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x5j_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x5j_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7x5j_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	7x5j_validation.cif.gz	81.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3osuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

D: 3-oxoacyl-ACP reductase

C: 3-oxoacyl-ACP reductase

A: 3-oxoacyl-ACP reductase

E: 3-oxoacyl-ACP reductase

B: 3-oxoacyl-ACP reductase

F: 3-oxoacyl-ACP reductase

ヘテロ分子

168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: 3-oxoacyl-ACP reductase

C: 3-oxoacyl-ACP reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 3-oxoacyl-ACP reductase

B: 3-oxoacyl-ACP reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: 3-oxoacyl-ACP reductase

F: 3-oxoacyl-ACP reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.623, 224.972, 152.371
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	3-oxoacyl-ACP reductase 分子量: 27307.080 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Methanoliparum (古細菌) 発現宿主: Eschenbachia (植物)
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20%(v/v) Butanediol, 0.1 M Sodium acetate pH 4.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→152.37 Å / Num. obs: 105199 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.212 / R_pim(I) all: 0.086 / R_rim(I) all: 0.229 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

Num. unique obs: 105218 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
11.5-152.37	12.6	0.129	0.985	0.05	0.138
2.1-2.14	13.8	1.757	0.699	0.706	1.896

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OSU

3osu

解像度: 2.1→97.275 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.258 / WR_factor R_work: 0.208 / SU B: 6.152 / SU ML: 0.151 / Average fsc free: 0.8428 / Average fsc work: 0.8595 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2469	5212	4.957 %
R_work	0.2001	99929	-
all	0.202	-	-
obs	-	105141	97.672 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.947 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.125 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.822 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→97.275 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11408	0	299	511	12218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	11843
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	11567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.517	1.64	16037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.329	1.59	26498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.228	5	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.152	21.878	575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	3.883	10	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.588	15	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.64	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	13545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	11311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	5811
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	6112
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	591
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.063	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.105	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.992	4.216	6133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.989	4.216	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.152	6.317	7654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.152	6.317	7655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.774	4.689	5710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.775	4.689	5708
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.708	6.842	8383
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.708	6.842	8384
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.057	51.223	13049
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.044	51.129	13004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.321	391	0.275	7349	X-RAY DIFFRACTION	97.9003
2.155-2.214	0.317	383	0.28	7186	X-RAY DIFFRACTION	98.3754
2.214-2.278	0.586	381	0.533	6900	X-RAY DIFFRACTION	97.4829
2.278-2.348	0.273	364	0.228	6548	X-RAY DIFFRACTION	94.7758
2.348-2.425	0.294	320	0.227	6608	X-RAY DIFFRACTION	98.5911
2.425-2.51	0.253	315	0.204	6405	X-RAY DIFFRACTION	98.3751
2.51-2.605	0.266	302	0.202	6218	X-RAY DIFFRACTION	98.8028
2.605-2.711	0.249	304	0.195	5957	X-RAY DIFFRACTION	98.3815
2.711-2.831	0.246	295	0.194	5448	X-RAY DIFFRACTION	94.163
2.831-2.97	0.248	274	0.181	5489	X-RAY DIFFRACTION	99.0547
2.97-3.13	0.225	281	0.175	5212	X-RAY DIFFRACTION	98.9373
3.13-3.32	0.214	266	0.191	4934	X-RAY DIFFRACTION	98.8969
3.32-3.549	0.252	225	0.192	4663	X-RAY DIFFRACTION	98.608
3.549-3.833	0.199	229	0.173	4135	X-RAY DIFFRACTION	94.4384
3.833-4.199	0.2	227	0.152	4014	X-RAY DIFFRACTION	99.3441
4.199-4.694	0.172	177	0.138	3683	X-RAY DIFFRACTION	99.2033
4.694-5.419	0.197	170	0.148	3126	X-RAY DIFFRACTION	95.6471
5.419-6.635	0.223	135	0.172	2718	X-RAY DIFFRACTION	97.8731
6.635-9.375	0.207	121	0.153	2153	X-RAY DIFFRACTION	98.5696

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関連情報:EMDBヘッダ

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