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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x53 | ||||||
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タイトル | cytochrome P450 monooxygenase | ||||||
要素 | Cytochrome P450 family protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / heme (ヘム) / hydroxylation (ヒドロキシル化) / epoxidation (エポキシド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida KT2440 (シュードモナス・プチダ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, Y. / Zheng, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of cytochrome P450 monooxygenase at 3.35 Angstroms resolution. 著者: Yan, Y. / Zheng, C. / Wei, S. / Jing, W. / Liang, G. / Cong, G. / Jia, L. / Xiulai, C. / Liming, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x53.cif.gz | 168.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x53.ent.gz | 132.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x53.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x53 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Auth seq-ID: 6 - 411 / Label seq-ID: 6 - 411
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46516.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (シュードモナス・プチダ) 株: KT2440 / 遺伝子: PP_1955 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q88LH7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% Polyethylene glycol 3350, 0.1 M TCEP hydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.542 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.35→23.51 Å / Num. obs: 10361 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.92 % / Biso Wilson estimate: 52.4 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 2.94 |
反射 シェル | 解像度: 3.35→3.62 Å / Num. unique obs: 2188 / CC1/2: 0.948 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.35→23.51 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 34.1 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.78 Å2 / Biso mean: 47.8991 Å2 / Biso min: 36.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.35→23.51 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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