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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x4d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of chlorotoxin mutant - Y29K | ||||||
![]() | Chlorotoxin | ||||||
![]() | TOXIN / Neurotoxin / Anti-glioma migration agent / Glioma diagnosis | ||||||
機能・相同性 | Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / peptidase inhibitor activity / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / chloride channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Chlorotoxin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, Y.T. / Chuang, W.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Expression in Pichia pastoris and characterization of chlorotoxin, an anti-glioma migration agent 著者: Chang, Y.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 28.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 401.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 401.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7x41SC ![]() 7x43C ![]() 7x44C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4378.202 Da / 分子数: 1 / 変異: Y29K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1 M monosodium phosphate and 0.75 M sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 4274 / % possible obs: 98.31 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.139 / Num. unique obs: 400 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7X41 解像度: 1.55→23.656 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.656 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.313 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→23.656 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.6079 Å / Origin y: 3.9855 Å / Origin z: -6.7193 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |