PDB-7x4d: Crystal structure of chlorotoxin mutant - Y29K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x4d

タイトル

Crystal structure of chlorotoxin mutant - Y29K

要素

Chlorotoxin

キーワード

TOXIN / Neurotoxin / Anti-glioma migration agent / Glioma diagnosis

機能・相同性

Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / peptidase inhibitor activity / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / chloride channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Chlorotoxin

機能・相同性情報

生物種

Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Chang, Y.T. / Chuang, W.J.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Expression in Pichia pastoris and characterization of chlorotoxin, an anti-glioma migration agent
著者: Chang, Y.T.

履歴

登録	2022年3月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x4d.cif.gz	28.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x4d.ent.gz	15.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x4d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x4d_validation.pdf.gz	401.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x4d_full_validation.pdf.gz	401.7 KB	表示
XML形式データ	7x4d_validation.xml.gz	3.6 KB	表示
CIF形式データ	7x4d_validation.cif.gz	4.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x4d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x41SC 7x43C 7x44C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chlorotoxin

4.38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	22.393, 25.941, 47.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	Chlorotoxin / CTX / ClTx 分子量: 4378.202 Da / 分子数: 1 / 変異: Y29K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ) 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: P45639
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 21.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1 M monosodium phosphate and 0.75 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 4274 / % possible obs: 98.31 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / R_merge(I) obs: 0.139 / Num. unique obs: 400

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000	2.3.10	データ削減
HKL-2000	2.3.10	データスケーリング
HKL-3000	2.3.10	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7X41

7x41

解像度: 1.55→23.656 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 2.656 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.187	204	4.801 %
R_work	0.1375	4045	-
all	0.14	-	-
obs	-	4249	98.311 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.313 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.482 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.203 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.279 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→23.656 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	271	0	0	34	305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	278
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.014	257
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.476	1.687	369
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.451	1.623	601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.89	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.641	19.231	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.239	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.027	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	60
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.963	0.498	147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.88	0.485	146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.183	0.741	182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.181	0.75	183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.298	0.924	131
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.121	0.922	131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.478	1.235	187
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.446	1.228	187
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.284	7.476	291
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.137	6.946	285
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.652	3	535

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.28	23	0.109	274	0.119	316	0.938	0.973	93.9873	0.084
1.59-1.633	0.14	14	0.122	288	0.123	309	0.97	0.969	97.7346	0.087
1.633-1.681	0.157	13	0.108	256	0.111	273	0.978	0.971	98.5348	0.085
1.681-1.732	0.245	14	0.115	284	0.12	301	0.928	0.974	99.0033	0.092
1.732-1.789	0.152	11	0.109	244	0.11	259	0.957	0.974	98.4556	0.085
1.789-1.851	0.119	15	0.118	266	0.118	284	0.966	0.975	98.9437	0.094
1.851-1.92	0.182	6	0.114	244	0.116	250	0.964	0.977	100	0.093
1.92-1.998	0.115	16	0.113	248	0.114	264	0.976	0.98	100	0.095
1.998-2.086	0.155	15	0.113	215	0.116	231	0.97	0.98	99.5671	0.101
2.086-2.187	0.274	11	0.131	229	0.136	242	0.944	0.974	99.1736	0.119
2.187-2.305	0.15	6	0.145	204	0.145	210	0.962	0.97	100	0.133
2.305-2.443	0.221	13	0.138	204	0.144	217	0.955	0.971	100	0.124
2.443-2.61	0.209	13	0.156	189	0.16	203	0.955	0.968	99.5074	0.149
2.61-2.816	0.186	6	0.172	179	0.172	189	0.907	0.962	97.8836	0.166
2.816-3.08	0.206	6	0.142	162	0.143	171	0.946	0.974	98.2456	0.142
3.08-3.437	0.171	8	0.137	150	0.139	162	0.97	0.98	97.5309	0.146
3.437-3.954	0.301	6	0.163	127	0.166	140	0.926	0.976	95	0.171
3.954-4.809	0.117	2	0.151	123	0.15	128	0.989	0.979	97.6562	0.166
4.809-6.665	0.22	5	0.193	96	0.194	105	0.953	0.968	96.1905	0.207
6.665-23.656	0.439	1	0.222	63	0.222	68		0.957	94.1176	0.254

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -3.6079 Å / Origin y: 3.9855 Å / Origin z: -6.7193 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0055 Å²	-0.0007 Å²	-0.002 Å²	-	0.0084 Å²	0.0003 Å²	-	-	0.0034 Å²
L	1.1432 °²	0.4663 °²	0.1852 °²	-	0.1911 °²	0.102 °²	-	-	0.9882 °²
S	0.0077 Å °	0.0072 Å °	0.0465 Å °	0.0035 Å °	0.001 Å °	0.0184 Å °	-0.0144 Å °	0.0158 Å °	-0.0088 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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