PDB-7x44: Crystal structure of chlorotoxin mutant - Q11N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x44

タイトル

Crystal structure of chlorotoxin mutant - Q11N

要素

Chlorotoxin

キーワード

TOXIN / Neurotoxin / Anti-glioma migration agent / Glioma diagnosis

機能・相同性

Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / peptidase inhibitor activity / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / chloride channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Chlorotoxin

機能・相同性情報

生物種

Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.04 Å

データ登録者

Chang, Y.T. / Chuang, W.J.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Expression in Pichia pastoris and characterization of chlorotoxin, an anti-glioma migration agent
著者: Chang, Y.T.

履歴

登録	2022年3月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x44.cif.gz	28.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x44.ent.gz	15.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x41SC 7x43C 7x4dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chlorotoxin

4.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	22.420, 26.115, 47.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	Chlorotoxin / CTX / ClTx 分子量: 4398.170 Da / 分子数: 1 / 変異: Q11N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ) 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: P45639
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 22.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1 M monosodium phosphate and 0.75 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.04→30 Å / Num. obs: 13922 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 48.9
反射シェル	解像度: 1.04→1.08 Å / R_merge(I) obs: 0.109 / Num. unique obs: 1355

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000	2.3.10	データ削減
HKL-2000	2.3.10	データスケーリング
HKL-3000	2.3.10	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7X41

7x41

解像度: 1.04→22.876 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 0.461 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.022 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.13336	672	4.84 %
R_work	0.13113	13212	-
all	0.13124	-	-
obs	0.13124	13884	99.563 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.655 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.017 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.021 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.04→22.876 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	273	0	0	40	313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	281
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.686	375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.53	1.617	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.46	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.361	19.286	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.631	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.562	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	64
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.029	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.333	0.382	147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.321	0.377	146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.482	0.573	182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.483	0.577	183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.506	0.555	134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.506	0.556	134
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.574	0.775	193
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.571	0.775	193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.339	5.717	308
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.209	5.291	301
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.781	3	531

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.04-1.067	0.134	51	0.128	936	0.128	1004	0.978	0.981	98.3068	0.104
1.067-1.096	0.185	41	0.105	936	0.107	977	0.969	0.985	100	0.088
1.096-1.128	0.112	48	0.098	917	0.099	966	0.984	0.986	99.8965	0.082
1.128-1.163	0.105	40	0.095	880	0.095	921	0.987	0.988	99.8914	0.083
1.163-1.201	0.095	43	0.097	861	0.097	904	0.99	0.988	100	0.087
1.201-1.243	0.095	48	0.097	840	0.097	888	0.989	0.988	100	0.089
1.243-1.289	0.127	45	0.102	786	0.103	831	0.98	0.986	100	0.095
1.289-1.342	0.139	49	0.105	759	0.107	808	0.978	0.986	100	0.1
1.342-1.401	0.114	33	0.106	768	0.107	801	0.983	0.986	100	0.102
1.401-1.469	0.12	40	0.102	710	0.103	750	0.983	0.987	100	0.103
1.469-1.549	0.114	42	0.113	681	0.113	724	0.985	0.984	99.8619	0.115
1.549-1.642	0.124	32	0.117	653	0.117	688	0.984	0.982	99.564	0.123
1.642-1.755	0.147	29	0.124	606	0.125	636	0.975	0.981	99.8428	0.133
1.755-1.894	0.103	27	0.132	581	0.131	608	0.989	0.982	100	0.146
1.894-2.074	0.14	19	0.144	533	0.143	556	0.984	0.98	99.2806	0.17
2.074-2.316	0.154	24	0.155	476	0.155	503	0.975	0.976	99.4036	0.185
2.316-2.67	0.167	15	0.166	448	0.166	463	0.962	0.963	100	0.204
2.67-3.259	0.163	17	0.167	383	0.167	400	0.968	0.964	100	0.206
3.259-4.563	0.153	24	0.158	275	0.157	311	0.978	0.972	96.1415	0.205
4.563-22.876	0.227	5	0.258	183	0.257	202	0.905	0.947	93.0693	0.358

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -3.6506 Å / Origin y: 4.0621 Å / Origin z: -6.7499 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0057 Å²	-0.001 Å²	0.0008 Å²	-	0.0122 Å²	-0.0024 Å²	-	-	0.0128 Å²
L	0.8981 °²	0.1776 °²	0.2265 °²	-	0.0602 °²	0.0678 °²	-	-	0.7354 °²
S	-0.0008 Å °	-0.0001 Å °	0.011 Å °	0.0037 Å °	-0.0142 Å °	0.0146 Å °	-0.0165 Å °	0.0002 Å °	0.015 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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