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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x44 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of chlorotoxin mutant - Q11N | ||||||
要素 | Chlorotoxin | ||||||
キーワード | TOXIN / Neurotoxin / Anti-glioma migration agent / Glioma diagnosis | ||||||
機能・相同性 | Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / peptidase inhibitor activity / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / chloride channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Chlorotoxin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, Y.T. / Chuang, W.J. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Expression in Pichia pastoris and characterization of chlorotoxin, an anti-glioma migration agent 著者: Chang, Y.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x44.cif.gz | 28.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x44.ent.gz | 15.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x44.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x44 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7x41SC 7x43C 7x4dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4398.170 Da / 分子数: 1 / 変異: Q11N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ) 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: P45639 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1 M monosodium phosphate and 0.75 M sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.04→30 Å / Num. obs: 13922 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 48.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.04→1.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.109 / Num. unique obs: 1355 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7X41 解像度: 1.04→22.876 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.461 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.022 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 6.655 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.04→22.876 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.6506 Å / Origin y: 4.0621 Å / Origin z: -6.7499 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |