PDB-7x41: Crystal structure of chlorotoxin, a glioma specific scorpion toxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x41

タイトル

Crystal structure of chlorotoxin, a glioma specific scorpion toxin

要素

Chlorotoxin

キーワード

TOXIN / Neurotoxin / Anti-glioma migration agent / Glioma diagnosis

機能・相同性

Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / peptidase inhibitor activity / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / chloride channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Chlorotoxin

機能・相同性情報

生物種

Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Chang, Y.T. / Chuang, W.J.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Expression in Pichia pastoris and characterization of chlorotoxin, an anti-glioma migration agent
著者: Chang, Y.T.

履歴

登録	2022年3月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x41.cif.gz	27.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x41.ent.gz	15.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x41_validation.pdf.gz	412.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x41_full_validation.pdf.gz	412.6 KB	表示
XML形式データ	7x41_validation.xml.gz	3.6 KB	表示
CIF形式データ	7x41_validation.cif.gz	4.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x43C 7x44C 7x4dC 1chlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chlorotoxin

4.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	22.335, 26.008, 47.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	Chlorotoxin / CTX / ClTx 分子量: 4412.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ) 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: P45639
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 20.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1 M monosodium phosphate and 0.75 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→30 Å / Num. obs: 10293 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 51.1
反射シェル	解像度: 1.15→1.19 Å / R_merge(I) obs: 0.09 / Num. unique obs: 1010

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000	2.3.10	データ削減
HKL-2000	2.3.10	データスケーリング
HKL-3000	2.3.10	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CHL

1chl

解像度: 1.15→23.615 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 0.688 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1574	511	4.984 %
R_work	0.1445	9742	-
all	0.145	-	-
obs	-	10253	99.66 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.327 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.086 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.082 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.168 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→23.615 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	274	0	0	34	308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	282
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.451	1.687	376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.528	1.616	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.359	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.437	19.286	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.325	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.777	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	64
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.176	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.161	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.078	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.293	0.325	147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.273	0.318	146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.397	0.483	182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.396	0.489	183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.561	0.533	135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.545	0.537	135
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.662	0.73	194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.662	0.733	194
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.01	4.662	302
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	0.909	4.443	298
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.87	3	534

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.15-1.18	0.157	36	0.105	715	0.107	755	0.981	0.987	99.4702	0.09
1.18-1.212	0.115	39	0.102	672	0.103	711	0.984	0.985	100	0.087
1.212-1.247	0.121	50	0.102	666	0.103	716	0.983	0.986	100	0.09
1.247-1.285	0.156	39	0.107	633	0.109	672	0.975	0.984	100	0.097
1.285-1.327	0.14	44	0.107	625	0.109	670	0.979	0.984	99.8507	0.099
1.327-1.374	0.115	36	0.113	608	0.113	644	0.982	0.984	100	0.106
1.374-1.425	0.137	28	0.113	593	0.114	622	0.981	0.983	99.8392	0.107
1.425-1.483	0.12	31	0.105	574	0.106	605	0.985	0.984	100	0.102
1.483-1.549	0.125	17	0.12	546	0.12	564	0.981	0.98	99.8227	0.122
1.549-1.624	0.126	31	0.119	537	0.12	569	0.979	0.98	99.8243	0.122
1.624-1.712	0.114	19	0.135	516	0.134	535	0.981	0.974	100	0.141
1.712-1.815	0.223	18	0.144	467	0.147	485	0.95	0.972	100	0.154
1.815-1.94	0.16	29	0.148	453	0.149	483	0.948	0.967	99.793	0.16
1.94-2.094	0.154	20	0.159	418	0.159	440	0.974	0.966	99.5455	0.183
2.094-2.292	0.219	19	0.178	394	0.18	414	0.941	0.962	99.7585	0.201
2.292-2.559	0.156	19	0.165	355	0.164	375	0.978	0.966	99.7333	0.194
2.559-2.95	0.247	8	0.173	332	0.174	340	0.957	0.966	100	0.218
2.95-3.598	0.213	11	0.182	284	0.183	296	0.963	0.97	99.6622	0.24
3.598-5.031	0.153	7	0.194	221	0.192	234	0.979	0.965	97.4359	0.259
5.031-23.615	0.259	10	0.288	132	0.286	153	0.963	0.916	92.8105	0.369

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -3.6063 Å / Origin y: 3.9806 Å / Origin z: -6.677 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0011 Å²	0 Å²	-0.0004 Å²	-	0.0129 Å²	0.0007 Å²	-	-	0.0201 Å²
L	0.9429 °²	0.1316 °²	0.211 °²	-	0.0465 °²	0.0183 °²	-	-	0.6717 °²
S	0.003 Å °	0.0018 Å °	0.0071 Å °	0.0008 Å °	-0.0124 Å °	0.016 Å °	-0.0254 Å °	0.0058 Å °	0.0094 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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