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Yorodumi- PDB-7x41: Crystal structure of chlorotoxin, a glioma specific scorpion toxin -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7x41 | ||||||
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Title | Crystal structure of chlorotoxin, a glioma specific scorpion toxin | ||||||
Components | Chlorotoxin | ||||||
Keywords | TOXIN / Neurotoxin / Anti-glioma migration agent / Glioma diagnosis | ||||||
Function / homology | Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / peptidase inhibitor activity / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / chloride channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Chlorotoxin Function and homology information | ||||||
Biological species | Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (Egyptian scorpion) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.15 Å | ||||||
Authors | Chang, Y.T. / Chuang, W.J. | ||||||
Funding support | Taiwan, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Expression in Pichia pastoris and characterization of chlorotoxin, an anti-glioma migration agent Authors: Chang, Y.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7x41.cif.gz | 27.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7x41.ent.gz | 15.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7x41.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7x41_validation.pdf.gz | 412.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7x41_full_validation.pdf.gz | 412.6 KB | Display | |
Data in XML | 7x41_validation.xml.gz | 3.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7x41_validation.cif.gz | 4.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x41 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7x43C 7x44C 7x4dC 1chlS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 4412.196 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (Egyptian scorpion) Production host: Pichia (fungus) / References: UniProt: P45639 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.55 Å3/Da / Density % sol: 20.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 1 M monosodium phosphate and 0.75 M sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13C1 / Wavelength: 0.97622 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 25, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97622 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.15→30 Å / Num. obs: 10293 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 51.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.15→1.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.09 / Num. unique obs: 1010 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1CHL Resolution: 1.15→23.615 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 0.688 / SU ML: 0.016 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.033 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 6.327 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.15→23.615 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -3.6063 Å / Origin y: 3.9806 Å / Origin z: -6.677 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |