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万見
- PDB-7x3h: The structure of Clostridium botulinum ParM in the apo conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x3h
タイトルThe structure of Clostridium botulinum ParM in the apo conformation
要素CBg-ParM triple mutant R204D, K230D and N234D
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / ParM
機能・相同性ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Ali, S. / Narita, A.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02410 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02440 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of tubulin H393D mutant from Odinarchaeota
著者: Robinson, R.C. / Ali, S. / Narita, A.
履歴
登録2022年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBg-ParM triple mutant R204D, K230D and N234D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8901
ポリマ－32,8901
非ポリマー00
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)55.635, 51.103, 64.917
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 CBg-ParM triple mutant R204D, K230D and N234D


分子量: 32890.355 Da / 分子数: 1 / 変異: R204D, K230D, N234D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Depositor reference: GB ED787363.1
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5 mg/ml CBg-ParM mutant 1 mM AMPPNP 0.2 M ammonium chloride 22% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 35734 / % possible obs: 97.55 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 37.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2896 / CC1/2: 0.736 / Rpim(I) all: 0.343

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→32 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 --
Rwork0.192 --
obs-35734 99.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 26.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2196 0 0 314 2510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00592291
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7163104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0496357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0735878
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 --
Rwork0.271 2896 -
obs--94.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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