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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x39 | ||||||
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タイトル | Structure of CIZ1 bound ERH | ||||||
要素 | Enhancer of rudimentary homolog,Cip1-interacting zinc finger protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / ERH / CIZ1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrimidine nucleoside metabolic process / methylosome / maintenance of protein location in nucleus / methyl-CpG binding / nucleobase-containing compound metabolic process / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin binding / midbody / nucleic acid binding / 細胞周期 ...pyrimidine nucleoside metabolic process / methylosome / maintenance of protein location in nucleus / methyl-CpG binding / nucleobase-containing compound metabolic process / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin binding / midbody / nucleic acid binding / 細胞周期 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Xu, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2023 タイトル: Molecular basis for the recognition of CIZ1 by ERH. 著者: Wang, X. / Xie, H. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Xu, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x39.cif.gz | 200.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x39.ent.gz | 159 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x39.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x39 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1wz7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17200.123 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CIZ1 fused with ERH / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERH, CIZ1, LSFR1, NP94, ZNF356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84090, UniProt: Q9ULV3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.59 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Bis-tris propane pH 9.0, 20% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0, 6% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 97 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→43.43 Å / Num. obs: 12023 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→3 Å / Num. measured obs: 12045 / CC1/2: 0.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1WZ7 解像度: 2.85→38.078 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 107.65 Å2 / Biso mean: 49.1906 Å2 / Biso min: 24.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.85→38.078 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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