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万見
- PDB-7x39: Structure of CIZ1 bound ERH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x39
タイトルStructure of CIZ1 bound ERH
要素Enhancer of rudimentary homolog,Cip1-interacting zinc finger protein
キーワードPROTEIN BINDING / ERH / CIZ1
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine nucleoside metabolic process / maintenance of protein location in nucleus / methylosome / methyl-CpG binding / nucleobase-containing compound metabolic process / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin binding / midbody / nucleic acid binding / RNA binding ...pyrimidine nucleoside metabolic process / maintenance of protein location in nucleus / methylosome / methyl-CpG binding / nucleobase-containing compound metabolic process / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin binding / midbody / nucleic acid binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cip1-interacting zinc finger protein / Enhancer of rudimentary signature. / Enhancer of rudimentary / Enhancer of rudimentary superfamily / Enhancer of rudimentary / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger ...Cip1-interacting zinc finger protein / Enhancer of rudimentary signature. / Enhancer of rudimentary / Enhancer of rudimentary superfamily / Enhancer of rudimentary / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / zinc finger / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Enhancer of rudimentary homolog / Cip1-interacting zinc finger protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Wang, X. / Xu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for the recognition of CIZ1 by ERH.
著者: Wang, X. / Xie, H. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Xu, C.
履歴
登録2022年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhancer of rudimentary homolog,Cip1-interacting zinc finger protein
B: Enhancer of rudimentary homolog,Cip1-interacting zinc finger protein
C: Enhancer of rudimentary homolog,Cip1-interacting zinc finger protein
D: Enhancer of rudimentary homolog,Cip1-interacting zinc finger protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8004
ポリマ－68,8004
非ポリマー00
水00
1
A: Enhancer of rudimentary homolog,Cip1-interacting zinc finger protein
B: Enhancer of rudimentary homolog,Cip1-interacting zinc finger protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4002
ポリマ－34,4002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13340 Å2
手法PISA
2
C: Enhancer of rudimentary homolog,Cip1-interacting zinc finger protein
D: Enhancer of rudimentary homolog,Cip1-interacting zinc finger protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4002
ポリマ－34,4002
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.451, 48.668, 73.879
Angle α, β, γ (deg.)85.830, 75.080, 63.310
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Enhancer of rudimentary homolog,Cip1-interacting zinc finger protein / CDKN1A-interacting zinc finger protein 1 / Nuclear protein NP94 / Zinc finger protein 356


分子量: 17200.123 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CIZ1 fused with ERH / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERH, CIZ1, LSFR1, NP94, ZNF356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84090, UniProt: Q9ULV3

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-tris propane pH 9.0, 20% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0, 6% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 97 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→43.43 Å / Num. obs: 12023 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / Num. measured obs: 12045 / CC1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WZ7

1wz7


解像度: 2.85→38.078 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 694 5.77 %
Rwork0.2181 11329 -
obs0.221 12023 96.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.65 Å2 / Biso mean: 49.1906 Å2 / Biso min: 24.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→38.078 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3828 0 0 0 3828
残基数----479
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8501-3.070.32521470.2786225896
3.07-3.37880.33631270.2657222195
3.3788-3.86730.29071300.2263228998
3.8673-4.87080.22591440.1861228096
4.8708-38.0780.241460.1954228198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72410.48380.02360.9008-0.15920.4883-0.04950.0199-0.11630.04040.0061-0.0092-0.05890.019600.23510.0129-0.02010.2717-0.00010.397-19.61296.081-17.1926
20.33910.0201-0.07230.17510.05320.03130.20660.0799-0.5219-0.574-0.231-0.26560.27870.01590.00060.3222-0.02740.0520.27940.02430.5386-15.431520.7734-12.0624
31.0409-0.25030.27050.7490.1740.10090.05610.16370.15480.0279-0.07370.01950.1049-0.072800.2787-0.03740.03110.32230.01910.3352-19.1303-19.9436-24.755
40.1424-0.15830.06040.1016-0.05630.14880.1901-0.0889-0.6649-0.2897-0.2115-0.25470.36520.329400.2764-0.0327-0.0150.44360.01820.3792-13.6542-32.3921-33.727
50.25640.05850.17960.4677-0.10310.94250.11170.05750.2220.0074-0.0168-0.2677-0.01590.020200.48160.0342-0.01930.4413-0.01250.3712-22.690616.767719.8055
60.0981-0.02950.004-0.02460.01630.13540.1802-0.44320.55850.2746-0.35730.29270.29580.4654-0.00130.8675-0.0702-0.09990.9802-0.02630.5283-20.652932.212618.365
70.30480.22840.04420.5614-0.2870.8645-0.1373-0.070.01260.1210.05580.0173-0.158-0.13870.00010.47960.0059-0.02360.36120.00590.3882-20.5417-8.29819.6747
80.03660.032-0.00070.0261-0.02570.0170.10850.1982-0.0286-0.36580.22090.00230.584-0.63290.00030.68850.1255-0.06230.67760.08010.3981-26.0985-20.61540.7988
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 100 )A0 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 132 through 156 )A132 - 156
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 100 )B1 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 134 through 150 )B134 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 100 )C1 - 100
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 134 through 150 )C134 - 150
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 100 )D1 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 134 through 150 )D134 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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