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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x2x | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of hetero-Diels-Alderase PycR1 in complex with 10-hydroxy-8E-humulene | ||||||
![]() | PycR1 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Complex | ||||||
機能・相同性 | Chem-80N![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, J. / Lu, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Calcium-dependent glycosylated enzyme in the tandem hetero-Diels-Alder reaction 著者: Zhou, J. / Lu, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7x2sC ![]() 7x36C ![]() 7x2nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42954.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(6-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
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#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 6種, 474分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/80N.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/80N.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
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#5: 化合物 | ChemComp-80N / ( | ||||
#6: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 化合物 | ChemComp-CL / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.06 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M MES pH=6.0, 0.2 M Ammonium chloride, 20%(w/v) PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→45.93 Å / Num. obs: 70881 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.9 % / Biso Wilson estimate: 23.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 25.5 % / Rmerge(I) obs: 1.699 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3458 / CC1/2: 0.804 / Rpim(I) all: 0.484 / Rrim(I) all: 1.767 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7X2N 解像度: 1.58→45.93 Å / SU ML: 0.1524 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.5657 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→45.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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