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- PDB-7x2u: Structure of a human NHE3-CHP1 complex in the autoinhibited state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x2u
タイトルStructure of a human NHE3-CHP1 complex in the autoinhibited state
要素
  • Calcineurin B homologous protein 1
  • Sodium/hydrogen exchanger 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Sodium/proton antiporter
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phosphatase activity / positive regulation of sodium:proton antiporter activity / Sodium/Proton exchangers / Hyaluronan degradation / positive regulation of protein glycosylation / membrane docking / transporter complex / negative regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / potassium:proton antiporter activity ...negative regulation of phosphatase activity / positive regulation of sodium:proton antiporter activity / Sodium/Proton exchangers / Hyaluronan degradation / positive regulation of protein glycosylation / membrane docking / transporter complex / negative regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / potassium:proton antiporter activity / positive regulation of protein transport / sodium:proton antiporter activity / membrane organization / microtubule bundle formation / cellular response to acidic pH / sodium ion import across plasma membrane / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of protein import into nucleus / small GTPase-mediated signal transduction / protein kinase inhibitor activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / brush border / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of protein targeting to membrane / potassium channel regulator activity / transport vesicle / monoatomic ion transport / cytoplasmic microtubule organization / potassium ion transmembrane transport / negative regulation of protein ubiquitination / phosphatidylinositol binding / protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / regulation of intracellular pH / PDZ domain binding / brush border membrane / potassium ion transport / kinase binding / recycling endosome membrane / calcium-dependent protein binding / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / early endosome membrane / membrane fusion / early endosome / protein stabilization / apical plasma membrane / membrane raft / Golgi membrane / focal adhesion / calcium ion binding / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Na+/H+ exchanger, isoforms 3/5 / : / Na+/H+ antiporter like fold - #20 / Na+/H+ antiporter like fold / Na+/H+ exchanger / Cation/H+ exchanger, CPA1 family / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif ...Na+/H+ exchanger, isoforms 3/5 / : / Na+/H+ antiporter like fold - #20 / Na+/H+ antiporter like fold / Na+/H+ exchanger / Cation/H+ exchanger, CPA1 family / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-85R / Chem-PGT / Sodium/hydrogen exchanger 3 / Calcineurin B homologous protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dong, Y. / Li, H. / Gao, Y. / Zhang, X.C. / Zhao, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB37030304 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure of a human NHE3-CHP1 complex in the autoinhibited state
著者: Dong, Y. / Li, H. / Ilie, A. / Gao, Y. / Boucher, A. / Zhang, X.C. / Orlowski, J. / Zhao, Y.
履歴
登録2022年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN
改定 1.22024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/hydrogen exchanger 3
B: Sodium/hydrogen exchanger 3
C: Calcineurin B homologous protein 1
D: Calcineurin B homologous protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,03016
ポリマ－183,8984
非ポリマー9,13212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area21140 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area58580 Å2

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要素

#1: タンパク質 Sodium/hydrogen exchanger 3 / Na(+)/H(+) exchanger 3 / NHE-3 / Solute carrier family 9 member 3


分子量: 70537.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC9A3, NHE3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48764
#2: タンパク質 Calcineurin B homologous protein 1 / Calcineurin B-like protein / Calcium-binding protein CHP / Calcium-binding protein p22 / EF-hand ...Calcineurin B-like protein / Calcium-binding protein CHP / Calcium-binding protein p22 / EF-hand calcium-binding domain-containing protein p22


分子量: 21411.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHP1, CHP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99653
#3: 化合物 ChemComp-85R / [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{S},3~{S},5~{R},6~{S})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジパルミトイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-L-myo-イノシト-ル


分子量: 811.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H79O13P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human NHE3-CHP1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 22000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 12000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37572 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0112120
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72516366
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.3481713
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051882
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042023

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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