[日本語] English
万見
- PDB-7x2q: Salvia miltiorrhiza CYP76AH3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x2q
タイトルSalvia miltiorrhiza CYP76AH3
要素Sugiol synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ferruginol monooxygenase / sugiol synthase / terpenoid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Sugiol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salvia miltiorrhiza (タンジン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Chang, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of CYP76AH3 at 3.67 Angstroms resolution
著者: Chang, Z.
履歴
登録2022年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sugiol synthase
B: Sugiol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5514
ポリマ－107,3182
非ポリマー1,2332
水32418
1
A: Sugiol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2762
ポリマ－53,6591
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
2
B: Sugiol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2762
ポリマ－53,6591
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.100, 151.100, 156.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Sugiol synthase / Cytochrome P450 76AH3 / Ferruginol monooxygenase


分子量: 53659.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salvia miltiorrhiza (タンジン) / 遺伝子: CYP76AH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0Y0GRS3, sugiol synthase, ferruginol monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化温度: 289.1 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1600mmol/L sodium citrate tribasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 193.1 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: Brandeis B4 / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.67→39.23 Å / Num. obs: 11668 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 35.5 % / Biso Wilson estimate: 67.16 Å2 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 3.67→4.04 Å / Num. unique obs: 11620 / CC1/2: 0.741
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.68→39.23 Å / SU ML: 0.4803 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.9293
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2963 562 4.84 %
Rwork0.2514 11058 -
obs0.2538 11620 96.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.68→39.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7488 0 0 18 7506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00337678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.632610418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04341126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.04262902
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.68-4.040.39351170.28352697X-RAY DIFFRACTION96.21
4.04-4.630.30261290.24632710X-RAY DIFFRACTION96.43
4.63-5.830.30561580.24652729X-RAY DIFFRACTION96.52
5.83-39.230.25171580.23922922X-RAY DIFFRACTION97.13

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る