[日本語] English
万見
- PDB-7x2p: Legionella pneumophila effector RavL -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x2p
タイトルLegionella pneumophila effector RavL
要素Putative lipase
キーワードHYDROLASE / Legionella pneumophila effector RavL
機能・相同性
機能・相同性情報


O-acyltransferase activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Lecithin:cholesterol/phospholipid:diacylglycerol acyltransferase / Lecithin:cholesterol acyltransferase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Zheng, J. / Lu, Z. / Chen, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Legionella pneumophila effector RavL
著者: Zheng, J. / Lu, Z.
履歴
登録2022年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative lipase
B: Putative lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2682
ポリマ－57,2682
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area19860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.377, 54.247, 128.209
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 11 through 241)
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUASPA3 - 215
d_21ens_1LEUASPB1 - 213

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999374759288, -0.0348474818246, 0.00597858743438), (-0.0332573735659, 0.869104032269, -0.493510008203), (0.0120015665946, -0.49340027777, -0.869719568766) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999374759288, -0.0348474818246, 0.00597858743438), (-0.0332573735659, 0.869104032269, -0.493510008203), (0.0120015665946, -0.49340027777, -0.869719568766)
ベクター: 19.6652186699, 17.3509898629, 65.1176643753)

-
要素

#1: タンパク質 Putative lipase / RavL


分子量: 28634.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg1108 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZWH7

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 0.8M potassium tartate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月6日
放射モノクロメーター: synchrotron radiation / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→33.15 Å / Num. obs: 9974 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 43.42 Å2 / CC1/2: 0.84 / Net I/σ(I): 0.1
反射 シェル解像度: 2.89→10 Å / Num. unique obs: 9974 / CC1/2: 0.74

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7a16

7a16


解像度: 2.89→33.15 Å / SU ML: 0.4466 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.2087
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3368 989 9.92 %
Rwork0.2842 8985 -
obs0.2893 9974 85.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→33.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3408 0 0 0 3408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06214717
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0708512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7047459
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.75124655513 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-3.050.3715540.3531533X-RAY DIFFRACTION36.23
3.05-3.240.41851020.3061958X-RAY DIFFRACTION64.87
3.24-3.490.36141730.3221464X-RAY DIFFRACTION98.44
3.49-3.840.3921590.32771501X-RAY DIFFRACTION99.7
3.84-4.390.35261620.25891487X-RAY DIFFRACTION100
4.39-5.530.29271700.25231501X-RAY DIFFRACTION99.82
5.53-33.150.29021690.2681541X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.78720149515 Å / Origin y: -4.48282342063 Å / Origin z: 33.7573355158 Å
111213212223313233
T0.141211229143 Å20.0823494840109 Å2-0.0051880844615 Å2-0.490702208446 Å2-0.16221078442 Å2--0.0407725287655 Å2
L2.49205704247 °2-0.212741103898 °2-0.0129315736499 °2-1.57269664361 °20.356454464507 °2--1.83003480142 °2
S0.0117237628882 Å °1.69215771577 Å °0.44019330174 Å °-0.391922594267 Å °0.218539734762 Å °-0.00383676591548 Å °-0.0976859512007 Å °0.527702981167 Å °0.107168695233 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る