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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x2n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Diels-Alderase PycR1 | ||||||
要素 | PycR1 | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Diels-Alderase | ||||||
機能・相同性 | alpha-D-mannopyranose 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leptobacillium sp. (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, J. / Lu, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of hetero-Diels-Alderase PycR1 著者: Zhou, J. / Lu, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x2n.cif.gz | 122.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x2n.ent.gz | 73.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x2n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x2n_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x2n_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x2n_validation.xml.gz | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x2n_validation.cif.gz | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/7x2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/7x2n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2p4oS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42954.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leptobacillium sp. (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-糖 , 3種, 3分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 | ChemComp-MAN / |
-非ポリマー , 4種, 481分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
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#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris-Sodium citrate, 20% (w/v)PEG4000, 5% (w/v)Isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→45.89 Å / Num. obs: 55134 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.7 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 1.778 / Num. unique obs: 2891 / CC1/2: 0.806 / Rpim(I) all: 0.503 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2p4o 解像度: 1.72→44.83 Å / SU ML: 0.179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.8603 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→44.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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