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- PDB-7x2e: Structure of USH1C PDZ2 and coiled-coil in complex with CDHR2 C-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x2e
タイトルStructure of USH1C PDZ2 and coiled-coil in complex with CDHR2 C-terminal tail
要素
  • Cadherin-related family member 2
  • Harmonin
キーワードPROTEIN BINDING / CELL ADHESION / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell growth involved in contact inhibition / intermicrovillar adhesion / protein localization to microvillus / brush border assembly / stereocilia ankle link complex / regulation of microvillus length / parallel actin filament bundle assembly / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / retinal cone cell development ...negative regulation of cell growth involved in contact inhibition / intermicrovillar adhesion / protein localization to microvillus / brush border assembly / stereocilia ankle link complex / regulation of microvillus length / parallel actin filament bundle assembly / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / retinal cone cell development / auditory receptor cell morphogenesis / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion mediated by cadherin / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / anchoring junction / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / inner ear morphogenesis / spectrin binding / microvillus membrane / microvillus / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / brush border / actin filament bundle assembly / photoreceptor outer segment / cell adhesion molecule binding / photoreceptor inner segment / epithelial cell differentiation / brush border membrane / sensory perception of sound / G2/M transition of mitotic cell cycle / apical part of cell / protein-containing complex assembly / cytoskeleton / cilium / apical plasma membrane / synapse / calcium ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Harmonin / Harmonin, N-terminal domain / : / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily ...Harmonin / Harmonin, N-terminal domain / : / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cadherin-related family member 2 / Harmonin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yan, W. / Chen, G. / Li, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2022
タイトル: Structure of the Harmonin PDZ2 and coiled-coil domains in a complex with CDHR2 tail and its implications.
著者: Yan, W. / Chen, G. / Li, J.
履歴
登録2022年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Harmonin
B: Cadherin-related family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2444
ポリマ－22,0602
非ポリマー1842
水3,675204
1
A: Harmonin
B: Cadherin-related family member 2
ヘテロ分子

A: Harmonin
B: Cadherin-related family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4888
ポリマ－44,1204
非ポリマー3684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5780 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.516, 50.681, 72.847
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-648-

HOH

21A-655-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Harmonin / Usher syndrome type-1C protein


分子量: 20037.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USH1C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6N9
#2: タンパク質・ペプチド Cadherin-related family member 2


分子量: 2022.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: E9Q7P9
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v polyethylene glycol 3000, 100 mM tri-sodium citrate, pH 5.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 16311 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.632 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 102320
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.886.50.8938090.7760.3690.9680.61199.8
1.88-1.926.50.7547800.8510.3130.8170.6199.7
1.92-1.956.40.5718510.8580.2390.620.76199.8
1.95-1.996.30.5527760.8970.2330.60.58199.7
1.99-2.046.20.3958190.930.1680.4290.55399.6
2.04-2.086.10.3368030.930.1460.3670.59699.6
2.08-2.145.70.2778080.9530.1260.3050.537100
2.14-2.195.90.2458430.9690.1090.2690.56299.8
2.19-2.266.20.2647770.960.1130.2880.965100
2.26-2.336.60.198350.9840.0780.2060.55999.8
2.33-2.416.50.1597850.9870.0660.1730.53399.7
2.41-2.516.40.1418260.9910.060.1530.533100
2.51-2.626.50.1188130.9920.050.1290.541100
2.62-2.765.80.1068120.9910.0480.1170.577100
2.76-2.946.10.0838130.9950.0360.0910.568100
2.94-3.166.70.0728360.9970.030.0780.61100
3.16-3.486.60.0578170.9970.0240.0620.679100
3.48-3.9860.0468220.9980.020.0510.75100
3.98-5.016.30.0388330.9990.0170.0420.771100
5.01-3060.048530.9990.0170.0440.75199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2KBS

2kbs


解像度: 1.85→28.26 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 840 5.15 %
Rwork0.1806 15468 -
obs0.1825 16308 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.92 Å2 / Biso mean: 24.0993 Å2 / Biso min: 8.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→28.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1309 0 12 204 1525
Biso mean--37.99 33.67 -
残基数----170
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.960.261300.24212517264797
1.96-2.110.23591500.190925562706100
2.11-2.330.22011420.175325722714100
2.33-2.660.18791390.184625832722100
2.66-3.350.24511490.174525842733100
3.35-28.260.1941300.1726562786100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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