PDB-7x1l: Malate dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus (gs-MDH)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x1l

タイトル

Malate dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus (gs-MDH) delta E311 mutant complexed with Nicotinamide Adenine Dinucleotide (NAD+)

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogease

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Shimozawa, Y. / Himiyama, T. / Nakamura, T. / Nishiya, Y.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K06616	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K15403	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K05740	日本

引用

ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2022
タイトル: Reducing substrate inhibition of malate dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus by C-terminal truncation.
著者: Shimozawa, Y. / Matsuhisa, H. / Nakamura, T. / Himiyama, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2022年2月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x1l.cif.gz	368.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x1l.ent.gz	292.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/7x1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/7x1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7by8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

E: Malate dehydrogenase

F: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

219 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

E: Malate dehydrogenase

F: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
146 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	242.850, 82.724, 136.703
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.588, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 35803.199 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: mdh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A143T1U9, malate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES (pH 8.8), 20 % (w/v) PEG 8000, 2 mM NAD+

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→48.633 Å / Num. obs: 122192 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.28→2.32 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 5972 / CC_1/2: 0.997

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BY8

7by8

解像度: 2.28→48.633 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 7.66 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	6081	4.977 %
R_work	0.2329	116109	-
all	0.235	-	-
obs	-	122190	99.812 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.017 Å²	0 Å²	-0.003 Å²
2-	-	-0.004 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→48.633 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13820	0	264	181	14265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	14302
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	13881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.5	1.646	19410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.22	1.578	32204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.993	5	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.294	23.311	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.25	15	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.931	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	15787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	12796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	6856
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	6770
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.207	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.149	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.032	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.386	6.57	7300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.386	6.569	7299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.15	9.847	9111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.15	9.848	9112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.92	7.239	7000
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.92	7.239	7001
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.554	10.599	10298
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.554	10.599	10299
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.512	77.568	14997
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.515	77.567	14982

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.28-2.339	0.316	432	0.294	8481	0.295	8947	0.81	0.821	99.62	0.265
2.339-2.403	0.339	403	0.276	8321	0.279	8752	0.8	0.836	99.6801	0.251
2.403-2.473	0.313	434	0.254	8078	0.257	8534	0.832	0.861	99.7422	0.235
2.473-2.548	0.319	382	0.242	7881	0.245	8280	0.846	0.877	99.7947	0.227
2.548-2.632	0.324	375	0.249	7648	0.253	8036	0.837	0.863	99.8382	0.235
2.632-2.724	0.329	403	0.239	7350	0.243	7765	0.846	0.879	99.8455	0.232
2.724-2.826	0.303	386	0.237	7109	0.24	7505	0.863	0.887	99.8668	0.235
2.826-2.941	0.302	357	0.238	6870	0.241	7233	0.86	0.885	99.917	0.24
2.941-3.072	0.307	347	0.241	6590	0.245	6940	0.872	0.893	99.9568	0.248
3.072-3.221	0.281	347	0.233	6271	0.235	6620	0.886	0.908	99.9698	0.243
3.221-3.394	0.271	325	0.236	5998	0.238	6324	0.9	0.911	99.9842	0.253
3.394-3.599	0.279	334	0.232	5647	0.234	5984	0.903	0.918	99.9499	0.256
3.599-3.846	0.26	292	0.223	5322	0.225	5623	0.915	0.929	99.8399	0.254
3.846-4.152	0.254	252	0.206	5004	0.208	5272	0.916	0.934	99.6965	0.246
4.152-4.545	0.239	247	0.197	4599	0.199	4847	0.931	0.94	99.9794	0.249
4.545-5.076	0.237	226	0.196	4154	0.198	4381	0.923	0.938	99.9772	0.252
5.076-5.851	0.289	191	0.235	3701	0.238	3893	0.895	0.914	99.9743	0.307
5.851-7.14	0.297	151	0.245	3170	0.248	3322	0.884	0.909	99.9699	0.32
7.14-9.99	0.282	116	0.233	2491	0.235	2609	0.906	0.928	99.9233	0.3
9.99-48.633	0.278	81	0.327	1424	0.324	1535	0.897	0.863	98.0456	0.449

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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