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- PDB-7x1k: Crystal structure of the flagellar expression regulator DegU from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x1k
タイトルCrystal structure of the flagellar expression regulator DegU from Listeria monocytogenes
要素Chemotaxis protein CheY
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Oh, H.B. / Lee, S. / Yoon, S.I.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1002100 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structural and biochemical analyses of the flagellar expression regulator DegU from Listeria monocytogenes.
著者: Oh, H.B. / Lee, S.J. / Yoon, S.I.
履歴
登録2022年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein CheY
B: Chemotaxis protein CheY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1662
ポリマ－17,1662
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.242, 57.242, 145.257
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 163 - 227 / Label seq-ID: 11 - 75

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain 'A' and ((resid 163 through 164 and (name N...AA
2(chain 'B' and resid 163 through 228)BB

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein CheY / DNA-binding response regulator / DegU / Response regulator / Response regulator transcription ...DNA-binding response regulator / DegU / Response regulator / Response regulator transcription factor / Transcriptional regulator DegU / LuxR family / Transcriptional regulatory protein DegU


分子量: 8583.022 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: degU, A8L61_03890, ABZ57_11460, AF006_13045, AF817_13315, AMC55_11180, APD94_12430, ART25_12685, ARV28_13580, ARV77_08670, B1N06_09480, B1N38_12915, B1N40_06475, B1N52_12835, B1N70_00610, ...遺伝子: degU, A8L61_03890, ABZ57_11460, AF006_13045, AF817_13315, AMC55_11180, APD94_12430, ART25_12685, ARV28_13580, ARV77_08670, B1N06_09480, B1N38_12915, B1N40_06475, B1N52_12835, B1N70_00610, B1N71_10050, B1O10_09485, B1O25_07280, B2H14_13935, B4X79_11740, B4Y29_09740, B4Y40_11245, B4Y47_08610, B4Y49_10025, B4Y56_12505, B4Y57_12495, B5K54_02645, B6112_12015, B6O07_13535, BB997_11935, BCZ19_11355, BW273_12435, C6S26_09800, CW834_12940, CW845_13665, CW895_11930, CX098_09325, D4164_11095, D4271_12160, D4900_05945, D4920_11405, D4947_10625, D4C60_13755, D4D22_12850, D4D89_12585, D4U00_09980, D4U23_12680, D5M63_12150, D5N24_10760, D6P18_10065, D7104_10330, DCK28_13445, DCT16_13710, E0I39_11925, E1V33_09195, E1W43_11255, E1W56_11245, E3W32_11145, E5F58_13125, E5H26_13360, EPC87_11970, EX365_11905, EXZ73_05225, EYY39_08845, F3O35_12475, F3R75_09005, F6436_08660, F6515_06455, FA835_05775, FC284_02010, FJU19_11735, FL871_10325, FLQ97_04035, FLR03_03265, FLR11_08670, FNX31_13305, FNX40_13200, FORC68_2515, FR217_13110, FV747_11325, G3O21_002114, G3R95_002613, GEK29_13585, GF092_12975, GFK29_13135, GH165_10925, GHH22_12100, GHM39_12125, GIG92_12460, GIH49_10425, GJW51_09325, GON91_09200, GT011_13650, GXB45_06830, GYN46_05480, GYO86_13500, GYP27_09900, GYS19_01765, GYU05_06030, GYU24_13830, GYX95_10705, GYY14_10455, GYZ23_13215, GYZ33_09065, GYZ61_04015, GZI09_03780, GZK40_12260, GZM52_12045, GZN68_12600, HF764_001809, HP506_002624, HQN34_002625, KV70_11175, KW30_11950, LmNIHS28_01696, lmo2515, M643_08060, QD52_13985, R019_13750, UI29_13830, UP23_11575
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DL91
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 10058 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 61.14 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 2.39→2.43 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 480 / CC1/2: 0.605 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WSZ

4wsz


解像度: 2.39→40.48 Å / SU ML: 0.3128 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.2791
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 492 4.91 %
Rwork0.2267 9526 -
obs0.2281 10018 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→40.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1024 0 0 5 1029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00771038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93511410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.02619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.630.37871200.30172317X-RAY DIFFRACTION99.07
2.63-3.010.31141110.2732360X-RAY DIFFRACTION98.88
3.01-3.790.27381180.24622373X-RAY DIFFRACTION98.65
3.79-40.480.22291430.19932476X-RAY DIFFRACTION97.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.33818845023-1.74201165189-1.317769438554.64805686121.530476080696.7115307934-0.248163830446-0.707820892857-0.6728521045480.362181486478-0.01346518414130.4526952053870.4130271936220.4739163280380.1481896295180.404256895847-0.01565032678420.03515681378610.5226022266830.1281622134350.39515864976878.3437034058-41.70966918386.96359590462
29.38911125534-3.33467920972.770956014439.48408788443-4.791036208322.56687236363-0.1317248859431.03363490951-0.214283590355-0.808777869959-0.349932779264-0.0694470487507-0.01653615317921.965191960380.3716709421040.5142615260820.0133743616047-0.04743990292080.9624301795750.05759967997660.54058691895390.1017225367-39.68640279699.50903524301
34.128015209410.31193209359-4.179501158934.089831650912.970312576386.88116827439-1.14350495845-1.61479385102-0.9678442745112.04291807517-0.493991109348-0.54525950422-1.373756492350.2308988452731.106555930890.6703998835440.0883301792614-0.05934049835191.171217656070.2224958068460.43262012668682.7865956946-38.436038921318.5068706679
43.984757479030.3255339725393.756765395957.37400813052.369758026964.17611594742-0.3230473202861.514377476030.0577116493248-0.00510355085740.1917096110090.775416350849-0.1955079342360.7351432030680.4626415746920.519348176875-0.106791188118-0.01172405185670.8528090117990.08447976918270.671464034831100.362732662-52.514130068518.0526091017
57.70230465909-0.258421491961-1.652221435122.13187808510.5048898164437.63106441852-0.5480797171882.2534683577-0.929909609087-0.839259415460.205511703424-0.05860963077880.08639273771161.059537305220.07519858401090.822277158891-0.0872003559122-0.04639241332811.28451688241-0.08263458594780.714405886953101.375252588-53.98193931849.1518319603
66.457668261861.735712713151.188996902272.250207109310.1963421219626.92145980801-0.01807513775861.096698721480.007108948182660.459672471371-0.7195214593430.5367402757680.09305197827730.5173600038570.605449145420.529830693786-0.00648714483737-0.02863287966620.6568356544760.005578583228110.68606212801491.3878811191-49.511524202417.8405134304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 160 through 207 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 208 through 222 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 223 through 228 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 161 through 178 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 179 through 207 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 208 through 228 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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