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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x14 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of phospho-FFAT motif of MIGA2 bound to VAPB | |||||||||
要素 |
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キーワード | LIPID TRANSPORT / FFAT / VAPB / MIGA2 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Sphingolipid de novo biosynthesis / negative regulation by virus of viral protein levels in host cell / endoplasmic reticulum membrane organization / FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / modulation by host of viral RNA genome replication / RAC2 GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOA GTPase cycle ...Sphingolipid de novo biosynthesis / negative regulation by virus of viral protein levels in host cell / endoplasmic reticulum membrane organization / FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / modulation by host of viral RNA genome replication / RAC2 GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / suppression of viral release by host / COPII-coated vesicle budding / negative regulation by host of viral genome replication / positive regulation by host of viral genome replication / endoplasmic reticulum organization / beta-tubulin binding / IRE1-mediated unfolded protein response / viral release from host cell / positive regulation of viral genome replication / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum unfolded protein response / intracellular calcium ion homeostasis / microtubule binding / membrane => GO:0016020 / protein heterodimerization activity / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Mus musculoides (ネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.675 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim, H. / Lee, C. | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis for mitoguardin-2 mediated lipid transport at ER-mitochondrial membrane contact sites. 著者: Kim, H. / Lee, S. / Jun, Y. / Lee, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x14.cif.gz | 70.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x14.ent.gz | 50.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x14.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x14_validation.pdf.gz | 447.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x14_full_validation.pdf.gz | 448.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7x14_validation.xml.gz | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x14_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/7x14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/7x14 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7x15C 3ikkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14226.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vapb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QY76 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1279.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculoides (ネズミ) |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 100 mM phosphae-citrate pH 4.2, 2% Iso-propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.675→26.695 Å / Num. obs: 14734 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.675→1.73 Å / Num. unique obs: 715 / CC1/2: 0.602 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3IKK 解像度: 1.675→26.695 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.3 Å2 / Biso mean: 28.6134 Å2 / Biso min: 8.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.675→26.695 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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