PDB-7x0x: Cryo-EM Structure of Arabidopsis CRY2 in active conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x0x

タイトル

Cryo-EM Structure of Arabidopsis CRY2 in active conformation

要素

Cryptochrome-2

キーワード

PLANT PROTEIN / Cryptochrome / Photoreceptor / Photosignaling

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to strigolactone / regulation of meristem growth / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / regulation of leaf morphogenesis / blue light signaling pathway / regulation of photoperiodism, flowering ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis (植物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Hao, Y.H. / Zhang, X. / Zhang, P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Plant Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the CRY2 and CIB1 fragment complex provides insights into CIB1-mediated photosignaling.
著者: Yahui Hao / Xue Zhang / Yaqi Liu / Miaolian Ma / Xiaowei Huang / Hongtao Liu / Peng Zhang /

履歴

登録	2022年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2024年6月26日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x0x.cif.gz	465.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x0x.ent.gz	362.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7x0x_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x0x_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7x0x_validation.xml.gz	58 KB	表示
CIF形式データ	7x0x_validation.cif.gz	85.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	32928MC 32929C 7x0yC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (10)

登録構造単位

D: Cryptochrome-2

B: Cryptochrome-2

C: Cryptochrome-2

A: Cryptochrome-2

ヘテロ分子

281 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Cryptochrome-2 / Atcry2 / Blue light photoreceptor / Protein PHR homolog 1 / AtPHH1 / Protein SUPPRESSOR OF elf3 20 分子量: 69425.789 Da / 分子数: 4 / 変異: W374A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arabidopsis (植物) / 遺伝子: CRY2, PHH1, SEL20, At1g04400, F19P19.14 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96524
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Tetrameric complex of Arabidosis CRY2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Arabidopsis (植物)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: NONE
対称性	点対称性: D₂ (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成	解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 244515 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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