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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x0c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phospholipase A1, AtDSEL | ||||||
![]() | Phospholipase A1-IIgamma | ||||||
![]() | HYDROLASE / Phospholipase A1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() diacylglycerol catabolic process / negative regulation of seed germination / monoacylglycerol catabolic process / phospholipase A1 activity / acylglycerol lipase activity / lipid storage / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heo, Y. / Lee, I. / Moon, S. / Lee, W. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of the Plant Phospholipase A1 Proteins Reveal a Unique Dimerization Domain. 著者: Heo, Y. / Lee, I. / Moon, S. / Yun, J.H. / Kim, E.Y. / Park, S.Y. / Park, J.H. / Kim, W.T. / Lee, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7x0dC ![]() 2yijS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47911.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DSEL, At4g18550, F28J12.210 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O49523, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.02M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 30% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0082 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.799→50 Å / Num. obs: 105892 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 22.0841058546 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 35.29 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 4586 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2YIJ 解像度: 1.79909514333→33.2867143454 Å / SU ML: 0.167434903764 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35431739796 / 位相誤差: 19.6841137382 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.9417230762 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79909514333→33.2867143454 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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