PDB-7x0c: Crystal structure of phospholipase A1, AtDSEL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x0c

タイトル

Crystal structure of phospholipase A1, AtDSEL

要素

Phospholipase A1-IIgamma

キーワード

HYDROLASE / Phospholipase A1

機能・相同性

機能・相同性情報

diacylglycerol catabolic process / negative regulation of seed germination / monoacylglycerol catabolic process / phospholipase A1 activity / monoacylglycerol lipase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / lipid storage / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79909514333 Å

データ登録者

Heo, Y. / Lee, I. / Moon, S. / Lee, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: Crystal Structures of the Plant Phospholipase A1 Proteins Reveal a Unique Dimerization Domain.
著者: Heo, Y. / Lee, I. / Moon, S. / Yun, J.H. / Kim, E.Y. / Park, S.Y. / Park, J.H. / Kim, W.T. / Lee, W.

履歴

登録	2022年2月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x0c.cif.gz	219.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x0c.ent.gz	139.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x0c_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x0c_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	7x0c_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	7x0c_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x0dC 2yijS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phospholipase A1-IIgamma

B: Phospholipase A1-IIgamma

95.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.977, 95.343, 79.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.144, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Phospholipase A1-IIgamma / DAD1-like seedling establishment-related lipase / AtDSEL / Phospholipase DSEL 分子量: 47911.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DSEL, At4g18550, F28J12.210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O49523, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Phospholipase A1-IIgamma / DAD1-like seedling establishment-related lipase / AtDSEL / Phospholipase DSEL

分子量: 47911.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DSEL, At4g18550, F28J12.210 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O49523, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.02M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 30% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.0082 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0082 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.799→50 Å / Num. obs: 105892 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 22.0841058546 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 35.29
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 4586

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YIJ

2yij

解像度: 1.79909514333→33.2867143454 Å / SU ML: 0.167434903764 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35431739796 / 位相誤差: 19.6841137382
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211731929786	4899	4.99464749962 %
R_work	0.178279032915	93186	-
obs	0.179912963409	98085	99.7123048146 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.9417230762 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79909514333→33.2867143454 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6409	0	0	423	6832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012328669973	6563
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.12691161042	8881
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0760831334354	937
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00778413893933	1159
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2582415566	3881

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7991-1.8195	0.227657382375	151	0.201361485865	3009	X-RAY DIFFRACTION	98.6267166042
1.8195-1.8409	0.215272894491	167	0.190171518145	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8409-1.8634	0.240681658108	167	0.192306775035	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8634-1.887	0.246429469574	171	0.187688009829	3114	X-RAY DIFFRACTION	100
1.887-1.9118	0.221075978891	159	0.178813080001	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9118-1.938	0.199495484003	164	0.177952733986	3102	X-RAY DIFFRACTION	100
1.938-1.9657	0.24054809642	160	0.17754564755	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9657-1.995	0.222395536984	141	0.178608960118	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
1.995-2.0262	0.215561869151	178	0.180054863732	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0262-2.0594	0.241432182807	152	0.183189729122	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0594-2.0949	0.212511469145	145	0.183303280564	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0949-2.133	0.218090952763	194	0.178715715463	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.133-2.174	0.228750153827	179	0.177548906567	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.174-2.2184	0.220620835796	189	0.17662366998	3061	X-RAY DIFFRACTION	99.9692402338
2.2184-2.2666	0.205116681432	153	0.177729723628	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2666-2.3193	0.223738877976	152	0.171789602439	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3193-2.3773	0.209615418273	162	0.175965166817	3107	X-RAY DIFFRACTION	99.9694189602
2.3773-2.4416	0.238820071725	170	0.178590313912	3103	X-RAY DIFFRACTION	99.9389312977
2.4416-2.5134	0.204083713643	181	0.182035288164	3102	X-RAY DIFFRACTION	99.9695493301
2.5134-2.5945	0.253452450388	163	0.178818828427	3086	X-RAY DIFFRACTION	99.9692307692
2.5945-2.6872	0.194649125562	186	0.179752388061	3103	X-RAY DIFFRACTION	99.9696048632
2.6872-2.7947	0.193533349299	164	0.174950199122	3115	X-RAY DIFFRACTION	99.9390429747
2.7947-2.9218	0.21762340366	150	0.188124013326	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9218-3.0758	0.220203616664	166	0.185981752514	3127	X-RAY DIFFRACTION	99.9393019727
3.0758-3.2683	0.226176341229	156	0.190996613246	3123	X-RAY DIFFRACTION	99.8781602193
3.2683-3.5204	0.216448041453	161	0.182772506759	3125	X-RAY DIFFRACTION	99.636143117
3.5204-3.8742	0.18170226377	158	0.185189725438	3086	X-RAY DIFFRACTION	98.6918162458
3.8742-4.4337	0.20060176688	150	0.160915349011	3108	X-RAY DIFFRACTION	98.191681736
4.4337-5.5817	0.204569946069	152	0.164173431412	3111	X-RAY DIFFRACTION	98.6993345433
5.5817-33.2867	0.189910818977	158	0.175544576077	3154	X-RAY DIFFRACTION	98.1042654028

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