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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x0c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phospholipase A1, AtDSEL | ||||||
要素 | Phospholipase A1-IIgamma | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Phospholipase A1 (ホスホリパーゼA1) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diacylglycerol catabolic process / negative regulation of seed germination / monoacylglycerol catabolic process / phospholipase A1 activity / acylglycerol lipase activity / lipid storage / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79909514333 Å | ||||||
データ登録者 | Heo, Y. / Lee, I. / Moon, S. / Lee, W. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2022 タイトル: Crystal Structures of the Plant Phospholipase A1 Proteins Reveal a Unique Dimerization Domain. 著者: Heo, Y. / Lee, I. / Moon, S. / Yun, J.H. / Kim, E.Y. / Park, S.Y. / Park, J.H. / Kim, W.T. / Lee, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x0c.cif.gz | 219.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x0c.ent.gz | 139.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x0c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7x0dC 2yijS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47911.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DSEL, At4g18550, F28J12.210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O49523, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.02M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 30% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.0082 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0082 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.799→50 Å / Num. obs: 105892 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 22.0841058546 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 35.29 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 4586 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2YIJ 解像度: 1.79909514333→33.2867143454 Å / SU ML: 0.167434903764 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35431739796 / 位相誤差: 19.6841137382 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.9417230762 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79909514333→33.2867143454 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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