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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wzy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase (HisG) from Acinetobacter baumannii at 2.975 A resolution | ||||||
要素 | ATP phosphoribosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HisG / ATP-PRT / ATPPRT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.975 Å | ||||||
データ登録者 | Ahmad, N. / Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase (HisG) from Acinetobacter baumannii at 2.975 A resolution 著者: Ahmad, N. / Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wzy.cif.gz | 102.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wzy.ent.gz | 76.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wzy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/7wzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/7wzy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7wgmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 1 - 227 / Label seq-ID: 1 - 227
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25113.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: hisG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VGC6, ATP phosphoribosyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-FMT / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6), 2M Sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.968 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.975→60.765 Å / Num. obs: 6663 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 100.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.975→3.26 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 334 / CC1/2: 0.756 / % possible all: 73.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7WGM 解像度: 2.975→60.765 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.8 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 102.361 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.975→60.765 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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