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- PDB-7wzy: Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wzy
タイトルCrystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase (HisG) from Acinetobacter baumannii at 2.975 A resolution
要素ATP phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / HisG / ATP-PRT / ATPPRT
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP phosphoribosyltransferase HisG, short form / ATP phosphoribosyltransferase HisG / ATP phosphoribosyltransferase, catalytic domain / ATP phosphoribosyltransferase, conserved site / ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase signature. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / ATP phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.975 Å
データ登録者Ahmad, N. / Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other governmentI-1252 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase (HisG) from Acinetobacter baumannii at 2.975 A resolution
著者: Ahmad, N. / Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2022年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP phosphoribosyltransferase
B: ATP phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3654
ポリマ－50,2262
非ポリマー1382
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.698, 77.833, 97.239
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 1 - 227 / Label seq-ID: 1 - 227

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 ATP phosphoribosyltransferase / ATP-PRT / ATP-PRTase


分子量: 25113.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: hisG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VGC6, ATP phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6), 2M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.975→60.765 Å / Num. obs: 6663 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 100.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.975→3.26 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 334 / CC1/2: 0.756 / % possible all: 73.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WGM

7wgm


解像度: 2.975→60.765 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.8 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2966 304 4.563 %
Rwork0.2205 6358 -
all0.224 --
obs-6662 58.706 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 102.361 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20 Å20 Å2
2--0.174 Å2-0 Å2
3----0.895 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.975→60.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3518 0 9 24 3551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0133571
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0153619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.6384820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2331.5848324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1675452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53222.674172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79815678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3351524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2170.23423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.150.21681
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0640.21707
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2730.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2660.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.270.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.35410.5641814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.35210.5631815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.73815.832264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.73815.8352265
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.16311.2841757
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.16211.2841758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.72316.6312556
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.72216.6312557
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it16.653199.12514249
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other16.653199.12214250
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1540.056451
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.153510.05008
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.153510.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.975-3.0520.36820.187460.1958160.9660.9275.88240.182
3.052-3.1350.31670.255950.267930.8350.85612.86250.247
3.135-3.2260.31880.3051240.3067810.8420.78416.90140.281
3.226-3.3250.28650.2651590.2667670.7850.81921.3820.247
3.325-3.4330.45980.3042080.317170.7570.78830.12550.286
3.433-3.5530.325110.2792630.2817280.8490.81537.63740.256
3.553-3.6870.297160.3053010.3046780.7940.81846.75520.29
3.687-3.8370.306230.2723800.2746660.8310.83560.51050.245
3.837-4.0070.206210.2564290.2546390.8490.85770.42250.243
4.007-4.2020.267180.2435040.2436170.8720.87884.60290.224
4.202-4.4280.251230.2065280.2085870.8840.90493.86710.18
4.428-4.6950.276290.1975180.2025520.9050.92599.09420.176
4.695-5.0170.234260.1894920.1925300.9280.93497.73590.179
5.017-5.4160.327210.2174470.2224820.8730.90897.09540.216
5.416-5.9280.309220.1974410.2024650.8680.91699.56990.193
5.928-6.620.314120.2093910.2134090.9030.90798.5330.206
6.62-7.6290.316180.1953470.2013730.8930.92597.85520.205
7.629-9.3060.369120.1723020.1783210.8990.95597.81930.198
9.306-13.010.241130.1682430.1722650.9470.96896.60380.206
13.01-60.7650.60390.4231400.4311620.7770.89191.97530.617

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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