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Yorodumi- PDB-7wzy: Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransfe... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7wzy | ||||||
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Title | Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase (HisG) from Acinetobacter baumannii at 2.975 A resolution | ||||||
Components | ATP phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / HisG / ATP-PRT / ATPPRT | ||||||
Function / homology | Function and homology information ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.975 Å | ||||||
Authors | Ahmad, N. / Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase (HisG) from Acinetobacter baumannii at 2.975 A resolution Authors: Ahmad, N. / Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7wzy.cif.gz | 102.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7wzy.ent.gz | 76.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7wzy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/7wzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/7wzy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7wgmS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 1 - 227 / Label seq-ID: 1 - 227
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 25113.203 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Gene: hisG / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: V5VGC6, ATP phosphoribosyltransferase #2: Chemical | ChemComp-FMT / | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.1M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6), 2M Sodium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.968 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Jan 26, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.968 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.975→60.765 Å / Num. obs: 6663 / % possible obs: 90.5 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 100.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.975→3.26 Å / Redundancy: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 334 / CC1/2: 0.756 / % possible all: 73.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7WGM Resolution: 2.975→60.765 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.8 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 102.361 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.975→60.765 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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