PDB-7wze: Structure of Transcriptional regulator from Bacillus subtilis (st...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wze

タイトル

Structure of Transcriptional regulator from Bacillus subtilis (strain 168)

要素

Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YetL

キーワード

TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Hong, M. / Park, J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structure-based molecular characterization of the YetL transcription factor from Bacillus subtilis.
著者: Park, J. / Kim, J. / Choi, Z. / Hong, M.

履歴

登録	2022年2月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wze.cif.gz	173.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wze.ent.gz	116.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wze.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7wze_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wze_full_validation.pdf.gz	453 KB	表示
XML形式データ	7wze_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	7wze_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/7wze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/7wze	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

Y: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YetL

A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YetL

39.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.178, 76.545, 88.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...	A	B	2 - 39	2 - 39
1	2	ASN	ASN	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...	A	B	41 - 43	41 - 43
1	3	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...	A	B	45 - 61	45 - 61
1	4	LEU	LEU	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...	A	B	63 - 105	63 - 105
1	5	LYS	LYS	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...	A	B	112 - 139	112 - 139
1	6	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...	A	B	141 - 149	141 - 149
1	7	PHE	PHE	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...	A	B	151 - 153	151 - 153
1	8	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...	A	B	155 - 166	155 - 166
2	1	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...	Y	A	2 - 39	2 - 39
2	2	ASN	ASN	VAL	VAL	(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...	Y	A	41 - 43	41 - 43
2	3	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...	Y	A	45 - 61	45 - 61
2	4	LEU	LEU	HIS	HIS	(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...	Y	A	63 - 105	63 - 105
2	5	LYS	LYS	VAL	VAL	(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...	Y	A	112 - 139	112 - 139
2	6	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...	Y	A	141 - 149	141 - 149
2	7	PHE	PHE	LYS	LYS	(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...	Y	A	151 - 153	151 - 153
2	8	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...	Y	A	155 - 166	155 - 166

#1: タンパク質	Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YetL 分子量: 19581.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: yetL, BSU07220 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O31541
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 Na acetate, 0.1 Tris, 9.0, 14% glycerol, 32% PEG 4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 9627 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 70.08 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 55
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / Num. unique obs: 478 / CC_1/2: 0.923

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.65→32.02 Å / SU ML: 0.3317 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.6048
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2965	471	4.92 %	472
R_work	0.2115	9106	-	-
obs	0.2158	9577	99.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→32.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2569	0	0	6	2575

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	2618
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9709	3501
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0495	386
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	440
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.5294	1583

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-3.03	0.3594	159	0.2525	2956	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.03-3.82	0.2889	153	0.2464	3028	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.82-32.02	0.288	159	0.1901	3122	X-RAY DIFFRACTION	99.24

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.77658728045	0.181065243399	0.295680061412	3.34867010578	-2.92216608868	8.42731161237	-0.510980334982	0.406801089292	-0.0031632218735	0.00657205761443	0.348295900041	-0.4496864616	-1.09650459644	-0.543296111746	-0.119125548302	0.740498163058	0.153136025822	0.269353261857	0.663646307549	0.315194211236	1.07099361914	10.535914916	14.6436760003	-22.2584869424
2	6.85769882611	4.4193065116	-0.487094278116	6.78274679262	-3.91880240647	4.70290560704	0.553706416901	0.0606701689128	0.400219989601	0.893910297423	0.0206326149889	0.200018751975	-0.36257705647	-0.0256137656132	-0.700887915071	0.610359882087	0.0833123586837	0.0209182397659	0.458324658352	0.0146477736016	0.498945614611	7.08910300334	-0.169145313081	-14.310754879
3	4.50101154878	2.93493754651	2.2559660731	3.80720612624	-1.450925886	6.11458676185	-0.134007953264	0.301842118221	-0.60608175556	-1.16057806944	0.686029584827	-0.392142175478	0.986933789521	-0.0116529068836	-0.24420236971	0.729441774969	0.00454195316952	0.0546029025764	0.465384816276	0.0516115633639	0.789310993672	9.0971679194	-23.8573411689	-9.25653962527
4	9.19062241884	2.57380538632	3.03655321247	2.54211884871	0.920795711353	1.06035146298	-1.91935439181	1.8390505979	-0.56395563683	-1.32794866049	1.1750720579	-1.32633411423	0.0822074665862	1.49632643462	0.301196099848	0.724848330594	0.133384712939	0.240960676251	0.9710941348	-0.441733896769	0.49620056675	19.2766268946	-21.4136376204	-9.45270307093
5	4.87653521873	5.44390202282	1.68463288962	7.75008754484	-1.4343149219	9.54146183996	0.0741692288878	-0.971317234384	0.0021479831606	0.945651136412	-0.135685197078	-0.761708784347	0.1239429169	-0.413264219889	-0.100688116405	0.560476871497	0.0281797257262	-0.0158771070871	0.539323898572	-0.0353311072904	0.568897372503	11.8924485764	-22.2874294608	0.912918797275
6	1.99587863449	6.02267683589	-8.4478738544	6.08233082364	-3.03260423434	2.00018280125	-1.32780151534	-2.83081173876	-2.48045094145	0.288603161352	-1.09884841676	-2.14038370892	2.0232844565	2.15867651753	-2.15340014	0.957855587523	0.29190826585	0.0585244304542	0.396962655066	0.0215388162911	0.761899737234	13.7203195405	-31.3651967117	-1.46379945612
7	6.5985233584	2.32045237024	1.03522340343	4.26658391158	0.776852147439	1.55287080433	-0.0634734180581	-0.193834666888	0.505901000103	-0.337256516281	0.0812599472931	1.86102007552	-0.329371487914	-0.692665493774	-0.331846714711	0.505766713922	-0.021571140672	-0.126764444141	0.508211951594	0.0234370857881	0.770647843144	-1.59831782007	-20.1908187292	-12.6236606999
8	7.64361460569	2.30528264769	2.05184325869	3.3596027681	-2.60909356663	6.21244602826	-0.642426928135	1.30937019649	0.580985964555	-1.80901703648	0.302317454465	0.802539486641	0.647467418691	0.382795739698	0.386079128251	0.916400442659	0.0795701581967	-0.13532036837	0.663221639576	-0.0350991993313	0.936212026379	14.6880286393	-4.37489035395	-25.0960210127
9	3.34077431699	3.68326714435	1.98349275382	4.16672051596	2.40502628644	9.31738422227	0.194735809853	0.447310429093	-0.596624332957	2.72038058003	0.765548842265	0.130206070022	1.89920747307	2.45641634537	-1.31961296969	1.05010807225	0.265592506798	-0.0713719369474	0.937662518891	-0.191731886985	1.75636355697	20.1682603102	-11.2414510758	-16.4084014217
10	3.51095158207	0.540889867194	-1.63252057049	1.5949606191	-3.67065950574	8.30002796483	1.54064359146	-0.416596140683	0.583116398325	1.98212020082	-0.445554034378	0.0997465586907	0.341120407687	-0.759075540791	1.47244680469	1.66871074673	0.0796051390456	-0.273593308516	0.625050069416	-0.506482954064	1.7518280457	5.10929065813	-21.6761668597	-22.4806395132
11	7.40066089159	5.39865253319	6.46807848955	5.68790801222	2.10210760561	7.23865471192	0.116032826055	0.38842961745	-0.624954723842	0.61240964324	0.133303511575	-0.678076247622	0.874785599057	0.342722071787	-0.367303730767	0.614645787505	0.129812273883	0.0104264523287	0.54966619249	-0.129627258612	0.841919890341	15.0730875318	-2.23007354179	-13.7245511366
12	4.3949146507	1.76261752456	-3.23414882862	9.39489072991	2.4043007619	4.11857067989	-0.639465642468	0.94659535008	-1.53548951167	-1.42438687557	0.358027305821	-2.57487615706	-0.147330321721	-0.780433510825	-0.299535597991	0.682942779772	-0.0606396013074	-0.0083973086647	0.834698911211	-0.24570353033	0.99339613798	14.2699842632	17.5102146099	-9.45189110313
13	1.20786815729	-1.30645904653	2.08024757116	2.73435241085	-3.1469774549	4.40820220989	-0.837852801133	2.29731673857	-0.0227130903766	-0.306847871465	0.299893847099	1.30095191855	-1.39216791573	-0.0872025762611	-0.535567970536	0.896351214525	-0.2001133121	0.111906458921	0.896180798545	-0.178417133876	0.764863544869	9.87419856306	29.646366216	-12.0922204605
14	6.86075732666	0.125597747802	-1.06864873668	5.47817047764	0.117755649561	8.25851617184	0.365921939809	-0.137187889419	-0.145326313558	0.252207345632	-0.0948611294181	0.152603519323	-0.950262771476	-0.683005715761	-0.0563246053923	0.585074966182	0.0630142482519	0.0760867611194	0.747981374694	-0.0580769310224	0.613564420951	7.05884643433	23.5513044378	-3.42577856023
15	6.16059742445	0.532239816579	1.2685757485	0.86307860774	-0.536574689698	2.36649473163	0.144271651186	-0.475124354346	0.858218573054	0.225089722002	0.0398881424635	0.187755905197	-0.0091212627513	0.82428047613	0.174329710583	0.426630993477	-0.0921188897629	0.0865850996622	0.644864314933	0.12003869137	0.99412033342	24.0794612392	17.9581921986	-13.306107347
16	2.4239083464	-0.203516012392	1.34967177639	6.13130189034	-2.94935583009	5.41517721817	0.0381634922315	0.728978223125	0.0401313206118	-1.63774248657	0.434438696796	0.513787565854	0.76930729401	0.0312580259777	-0.34797049492	0.981733413894	0.180029327873	-0.120574781715	0.669046426093	-0.0993291623758	0.619415295499	8.90727784576	1.28052969601	-26.0975109138

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'Y' and (resid 2 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'Y' and (resid 24 through 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'Y' and (resid 52 through 73 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'Y' and (resid 74 through 84 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'Y' and (resid 85 through 104 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'Y' and (resid 105 through 118 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'Y' and (resid 119 through 138 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'Y' and (resid 139 through 167 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 2 through 9 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 10 through 23 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 24 through 51 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 52 through 66 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 67 through 73 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 74 through 118 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 119 through 138 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 139 through 166 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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