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- PDB-7wze: Structure of Transcriptional regulator from Bacillus subtilis (st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wze
タイトルStructure of Transcriptional regulator from Bacillus subtilis (strain 168)
要素Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YetL
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YetL
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Hong, M. / Park, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1F1A1045940 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structure-based molecular characterization of the YetL transcription factor from Bacillus subtilis.
著者: Park, J. / Kim, J. / Choi, Z. / Hong, M.
履歴
登録2022年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YetL
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YetL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1632
ポリマ－39,1632
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area16640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.178, 76.545, 88.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...A2 - 39
121(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...A41 - 43
131(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...A45 - 61
141(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...A63 - 105
151(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...A112 - 139
161(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...A141 - 149
171(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...A151 - 153
181(chain 'A' and (resid 2 through 13 or (resid 14...A155 - 166
211(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...Y2 - 39
221(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...Y41 - 43
231(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...Y45 - 61
241(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...Y63 - 105
251(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...Y112 - 139
261(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...Y141 - 149
271(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...Y151 - 153
281(chain 'Y' and (resid 2 through 62 or (resid 63...Y155 - 166

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YetL


分子量: 19581.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yetL, BSU07220 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O31541
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 Na acetate, 0.1 Tris, 9.0, 14% glycerol, 32% PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 9627 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 70.08 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 55
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / Num. unique obs: 478 / CC1/2: 0.923

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→32.02 Å / SU ML: 0.3317 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.6048
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2965 471 4.92 %472
Rwork0.2115 9106 --
obs0.2158 9577 99.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→32.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2569 0 0 6 2575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00722618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97093501
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.52941583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-3.030.35941590.25252956X-RAY DIFFRACTION99.65
3.03-3.820.28891530.24643028X-RAY DIFFRACTION99.91
3.82-32.020.2881590.19013122X-RAY DIFFRACTION99.24
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.776587280450.1810652433990.2956800614123.34867010578-2.922166088688.42731161237-0.5109803349820.406801089292-0.00316322187350.006572057614430.348295900041-0.4496864616-1.09650459644-0.543296111746-0.1191255483020.7404981630580.1531360258220.2693532618570.6636463075490.3151942112361.0709936191410.53591491614.6436760003-22.2584869424
26.857698826114.4193065116-0.4870942781166.78274679262-3.918802406474.702905607040.5537064169010.06067016891280.4002199896010.8939102974230.02063261498890.200018751975-0.36257705647-0.0256137656132-0.7008879150710.6103598820870.08331235868370.02091823976590.4583246583520.01464777360160.4989456146117.08910300334-0.169145313081-14.310754879
34.501011548782.934937546512.25596607313.80720612624-1.4509258866.11458676185-0.1340079532640.301842118221-0.60608175556-1.160578069440.686029584827-0.3921421754780.986933789521-0.0116529068836-0.244202369710.7294417749690.004541953169520.05460290257640.4653848162760.05161156336390.7893109936729.0971679194-23.8573411689-9.25653962527
49.190622418842.573805386323.036553212472.542118848710.9207957113531.06035146298-1.919354391811.8390505979-0.56395563683-1.327948660491.1750720579-1.326334114230.08220746658621.496326434620.3011960998480.7248483305940.1333847129390.2409606762510.9710941348-0.4417338967690.4962005667519.2766268946-21.4136376204-9.45270307093
54.876535218735.443902022821.684632889627.75008754484-1.43431492199.541461839960.0741692288878-0.9713172343840.00214798316060.945651136412-0.135685197078-0.7617087843470.1239429169-0.413264219889-0.1006881164050.5604768714970.0281797257262-0.01587710708710.539323898572-0.03533110729040.56889737250311.8924485764-22.28742946080.912918797275
61.995878634496.02267683589-8.44787385446.08233082364-3.032604234342.00018280125-1.32780151534-2.83081173876-2.480450941450.288603161352-1.09884841676-2.140383708922.02328445652.15867651753-2.153400140.9578555875230.291908265850.05852443045420.3969626550660.02153881629110.76189973723413.7203195405-31.3651967117-1.46379945612
76.59852335842.320452370241.035223403434.266583911580.7768521474391.55287080433-0.0634734180581-0.1938346668880.505901000103-0.3372565162810.08125994729311.86102007552-0.329371487914-0.692665493774-0.3318467147110.505766713922-0.021571140672-0.1267644441410.5082119515940.02343708578810.770647843144-1.59831782007-20.1908187292-12.6236606999
87.643614605692.305282647692.051843258693.3596027681-2.609093566636.21244602826-0.6424269281351.309370196490.580985964555-1.809017036480.3023174544650.8025394866410.6474674186910.3827957396980.3860791282510.9164004426590.0795701581967-0.135320368370.663221639576-0.03509919933130.93621202637914.6880286393-4.37489035395-25.0960210127
93.340774316993.683267144351.983492753824.166720515962.405026286449.317384222270.1947358098530.447310429093-0.5966243329572.720380580030.7655488422650.1302060700221.899207473072.45641634537-1.319612969691.050108072250.265592506798-0.07137193694740.937662518891-0.1917318869851.7563635569720.1682603102-11.2414510758-16.4084014217
103.510951582070.540889867194-1.632520570491.5949606191-3.670659505748.300027964831.54064359146-0.4165961406830.5831163983251.98212020082-0.4455540343780.09974655869070.341120407687-0.7590755407911.472446804691.668710746730.0796051390456-0.2735933085160.625050069416-0.5064829540641.75182804575.10929065813-21.6761668597-22.4806395132
117.400660891595.398652533196.468078489555.687908012222.102107605617.238654711920.1160328260550.38842961745-0.6249547238420.612409643240.133303511575-0.6780762476220.8747855990570.342722071787-0.3673037307670.6146457875050.1298122738830.01042645232870.54966619249-0.1296272586120.84191989034115.0730875318-2.23007354179-13.7245511366
124.39491465071.76261752456-3.234148828629.394890729912.40430076194.11857067989-0.6394656424680.94659535008-1.53548951167-1.424386875570.358027305821-2.57487615706-0.147330321721-0.780433510825-0.2995355979910.682942779772-0.0606396013074-0.00839730866470.834698911211-0.245703530330.9933961379814.269984263217.5102146099-9.45189110313
131.20786815729-1.306459046532.080247571162.73435241085-3.14697745494.40820220989-0.8378528011332.29731673857-0.0227130903766-0.3068478714650.2998938470991.30095191855-1.39216791573-0.0872025762611-0.5355679705360.896351214525-0.20011331210.1119064589210.896180798545-0.1784171338760.7648635448699.8741985630629.646366216-12.0922204605
146.860757326660.125597747802-1.068648736685.478170477640.1177556495618.258516171840.365921939809-0.137187889419-0.1453263135580.252207345632-0.09486112941810.152603519323-0.950262771476-0.683005715761-0.05632460539230.5850749661820.06301424825190.07608676111940.747981374694-0.05807693102240.6135644209517.0588464343323.5513044378-3.42577856023
156.160597424450.5322398165791.26857574850.86307860774-0.5365746896982.366494731630.144271651186-0.4751243543460.8582185730540.2250897220020.03988814246350.187755905197-0.00912126275130.824280476130.1743297105830.426630993477-0.09211888976290.08658509966220.6448643149330.120038691370.9941203334224.079461239217.9581921986-13.306107347
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'Y' and (resid 2 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'Y' and (resid 24 through 51 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'Y' and (resid 52 through 73 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'Y' and (resid 74 through 84 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'Y' and (resid 85 through 104 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'Y' and (resid 105 through 118 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'Y' and (resid 119 through 138 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'Y' and (resid 139 through 167 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 2 through 9 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 10 through 23 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 24 through 51 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 52 through 66 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 67 through 73 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 74 through 118 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 119 through 138 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 139 through 166 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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