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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wzb | ||||||||||||
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タイトル | lipopolysaccharide assembly protein LapB (open) | ||||||||||||
要素 | Lipopolysaccharide assembly protein B | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / lipopolysaccharide assembly protein LapB (open) cytoplasmic soluble domain | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipopolysaccharide metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / transferase activity / iron ion binding / cell division / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yan, L. / Dong, H. / Li, H. / Liu, X. / Deng, Z. / Dong, C. / Zhang, Z. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: lipopolysaccharide assembly protein LapB (open) 著者: Yan, L. / Dong, H. / Li, H. / Liu, X. / Deng, Z. / Dong, C. / Zhang, Z. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wzb.cif.gz | 212.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wzb.ent.gz | 165.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wzb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wzb_validation.pdf.gz | 598.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wzb_full_validation.pdf.gz | 602 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7wzb_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wzb_validation.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/7wzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/7wzb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4zlhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42383.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: lipopolysaccharide assembly protein B 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: lapB / プラスミド: pet28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7CQG6 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 / 詳細: 21.25% Ethylene glycol 15% glycerol / PH範囲: 7-8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9175 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9175 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→24.72 Å / Num. obs: 19835 / % possible obs: 97.03 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 41.78 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04174 / Rpim(I) all: 0.01674 / Rrim(I) all: 0.04506 / Net I/σ(I): 27.93 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.796 Å / 冗長度: 7.08 % / Rmerge(I) obs: 0.2306 / Mean I/σ(I) obs: 7.08 / Num. unique obs: 1537 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.08943 / Rrim(I) all: 0.2476 / % possible all: 78.14 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZLH 解像度: 2.7→24.46 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 148.98 Å2 / Biso mean: 73.9629 Å2 / Biso min: 37.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→24.46 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.796 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.8983 Å / Origin y: -17.2672 Å / Origin z: -9.0542 Å
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精密化 TLSグループ |
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