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万見
- PDB-7wzb: lipopolysaccharide assembly protein LapB (open) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wzb
タイトルlipopolysaccharide assembly protein LapB (open)
要素Lipopolysaccharide assembly protein B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / lipopolysaccharide assembly protein LapB (open) cytoplasmic soluble domain
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / cytoplasmic side of plasma membrane / transferase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide assembly protein B / LapB, rubredoxin metal binding domain / Rubredoxin metal binding domain / : / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Lipopolysaccharide assembly protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yan, L. / Dong, H. / Li, H. / Liu, X. / Deng, Z. / Dong, C. / Zhang, Z.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0903200 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFC2100600 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800052 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: lipopolysaccharide assembly protein LapB (open)
著者: Yan, L. / Dong, H. / Li, H. / Liu, X. / Deng, Z. / Dong, C. / Zhang, Z.
履歴
登録2022年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Lipopolysaccharide assembly protein B
A: Lipopolysaccharide assembly protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0485
ポリマ－84,7672
非ポリマー2813
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area25060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.080, 78.960, 124.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide assembly protein B


分子量: 42383.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: lipopolysaccharide assembly protein B
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: lapB / プラスミド: pet28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7CQG6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 / 詳細: 21.25% Ethylene glycol 15% glycerol / PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9175 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9175 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→24.72 Å / Num. obs: 19835 / % possible obs: 97.03 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 41.78 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04174 / Rpim(I) all: 0.01674 / Rrim(I) all: 0.04506 / Net I/σ(I): 27.93
反射 シェル解像度: 2.7→2.796 Å / 冗長度: 7.08 % / Rmerge(I) obs: 0.2306 / Mean I/σ(I) obs: 7.08 / Num. unique obs: 1537 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.08943 / Rrim(I) all: 0.2476 / % possible all: 78.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZLH

4zlh


解像度: 2.7→24.46 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 979 4.73 %
Rwork0.248 18896 -
obs-19490 97.03 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.98 Å2 / Biso mean: 73.9629 Å2 / Biso min: 37.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→24.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3856 0 12 17 3885
Biso mean--68.82 61 -
残基数----505
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.796 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3431 86 -
Rwork0.3407 979 -
obs--78.14 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.8983 Å / Origin y: -17.2672 Å / Origin z: -9.0542 Å
111213212223313233
T0.4618 Å20.0226 Å20.0149 Å2-0.4729 Å2-0.0085 Å2--0.4731 Å2
L0.7916 °20.9271 °2-0.1231 °2-0.478 °20.0529 °2--0.3516 °2
S0.0301 Å °-0.1372 Å °-0.0356 Å °-0.1046 Å °-0.0203 Å °0.0151 Å °-0.0285 Å °0.0682 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB135 - 400
2X-RAY DIFFRACTION1allA137 - 400
3X-RAY DIFFRACTION1allX500
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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