PDB-7wyr: Crystal structure of Cypovirus Polyhedra mutant fused with CLN025

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wyr

タイトル

Crystal structure of Cypovirus Polyhedra mutant fused with CLN025

要素

Polyhedrin fused with CLN025

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / viral occlusion body / host cell cytoplasm / Polyhedrin

機能・相同性情報

生物種

Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Kojima, M. / Abe, S. / Hirata, K. / Yamashita, K. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biomater Sci / 年: 2023
タイトル: Engineering of an in-cell protein crystal for fastening a metastable conformation of a target miniprotein.
著者: Kojima, M. / Abe, S. / Furuta, T. / Tran, D.P. / Hirata, K. / Yamashita, K. / Hishikawa, Y. / Kitao, A. / Ueno, T.

履歴

登録	2022年2月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wyr.cif.gz	70.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wyr.ent.gz	48 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wyr_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wyr_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7wyr_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	7wyr_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/7wyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/7wyr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oh6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyhedrin fused with CLN025

ヘテロ分子

29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.520, 104.520, 104.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-517- HOH

#1: タンパク質	Polyhedrin fused with CLN025 / C-polyhedrin 分子量: 29053.986 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-71, UNP residues 77-248 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス), (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P11041
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: in cell / 詳細: in cell crystallization

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 19331 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 211.2 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.84
反射シェル	解像度: 1.75→1.76 Å / Num. unique obs: 489 / CC_1/2: 0.319

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot	0.8.9.2 EL	モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OH6

2oh6

解像度: 1.75→42.707 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 2.799 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.134

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	1923	9.948 %
R_work	0.173	17408	-
all	0.176	-	-
obs	-	19331	99.99 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.137 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.707 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2046	0	12	118	2176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.544	1.647	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.372	1.571	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.259	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.174	22.423	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.991	15	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.485	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	995
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	853
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.773	0.899	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.771	0.898	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.269	1.344	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.269	1.345	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.137	1.048	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.137	1.048	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.797	1.523	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.796	1.523	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.669	10.348	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.624	10.294	2259

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.796	0.384	143	0.448	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
1.796-1.845	0.351	137	0.321	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.898	0.338	132	0.245	1203	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.957	0.211	128	0.194	1161	X-RAY DIFFRACTION	100
1.957-2.021	0.184	128	0.172	1137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.021-2.092	0.168	123	0.153	1119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.092-2.171	0.186	95	0.148	1066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.171-2.259	0.202	130	0.144	1011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.259-2.36	0.184	109	0.15	971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.475	0.188	131	0.143	913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.475-2.608	0.169	106	0.141	901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.608-2.766	0.168	76	0.125	864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.766-2.957	0.193	82	0.131	822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.957-3.193	0.18	73	0.133	742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.193-3.498	0.136	72	0.126	703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.498-3.909	0.17	73	0.118	616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.909-4.512	0.165	60	0.124	560	X-RAY DIFFRACTION	100
4.512-5.521	0.198	55	0.192	476	X-RAY DIFFRACTION	100
5.521-7.786	0.366	45	0.319	372	X-RAY DIFFRACTION	100
7.786-42.707	0.742	25	0.563	225	X-RAY DIFFRACTION	99.6016

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)