PDB-7wyj: Structure of the complex of lactoperoxidase with nitric oxide cat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wyj

タイトル

Structure of the complex of lactoperoxidase with nitric oxide catalytic product nitrite at 1.89 A resolution

要素

Lactoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Peroxide family

機能・相同性

機能・相同性情報

Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / thiocyanate peroxidase activity / peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / defense response to bacterium / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Viswanathan, V. / Pandey, N. / Singh, A.K. / Sinha, M. / Singh, R.P. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Structural evidence of the conversion of nitric oxide (NO) to nitrite ion (NO2-) by lactoperoxidase (LPO): Structure of the complex of LPO with NO2- at 1.89 angstrom resolution
著者: Viswanathan, V. / Ahmad, M.I. / Singh, P.K. / Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2022年2月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2023年3月1日	ID: 7VIN
改定 1.1	2023年3月1日	Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.2	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wyj.cif.gz	159 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wyj.ent.gz	115.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/7wyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/7wyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vin PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lactoperoxidase

ヘテロ分子

72.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.990, 79.930, 76.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.180, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lactoperoxidase / LPO 分子量: 67773.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P80025, peroxidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#10: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 8種, 513分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: Ammonium Iodide, PEG3350, pH6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→35.301 Å / Num. obs: 50802 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.94 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.89→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 3679 / CC_1/2: 0.89 / R_sym value: 0.341

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VIN

7vin
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.89→35.301 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / WR_factor R_free: 0.266 / WR_factor R_work: 0.211 / SU B: 4.354 / SU ML: 0.129 / Average fsc free: 0.8829 / Average fsc work: 0.9072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	2579	5.077 %
R_work	0.2031	48223	-
all	0.206	-	-
obs	-	50802	99.945 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.526 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.003 Å²	0 Å²	0.007 Å²
2-	-	-0.013 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.006 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→35.301 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4770	0	161	481	5412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5067
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	4717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.686	6888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.325	1.607	10868
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.286	5	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.447	21.786	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.35	15	829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.252	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	631
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	4934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.064	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.263	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.264	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.158	3.502	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.149	3.497	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.035	5.232	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.035	5.237	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.832	3.816	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.832	3.817	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.598	5.635	3908
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.597	5.636	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.545	41.183	6017
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.544	41.183	6018

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.89-1.939	0.319	180	0.262	3576	0.264	3757	0.838	0.865	99.9734	0.229
1.939-1.992	0.318	178	0.257	3451	0.26	3631	0.829	0.866	99.9449	0.225
1.992-2.049	0.287	184	0.247	3361	0.249	3546	0.863	0.878	99.9718	0.22
2.049-2.112	0.297	205	0.247	3207	0.25	3412	0.838	0.877	100	0.226
2.112-2.181	0.327	184	0.236	3159	0.241	3344	0.853	0.89	99.9701	0.215
2.181-2.258	0.248	163	0.22	3062	0.221	3225	0.895	0.911	100	0.201
2.258-2.342	0.281	146	0.215	2965	0.218	3114	0.899	0.916	99.9037	0.199
2.342-2.438	0.275	147	0.218	2850	0.221	2997	0.888	0.908	100	0.206
2.438-2.546	0.299	125	0.225	2768	0.229	2894	0.88	0.902	99.9654	0.217
2.546-2.669	0.286	141	0.207	2584	0.21	2725	0.88	0.916	100	0.201
2.669-2.813	0.304	130	0.216	2498	0.22	2629	0.866	0.911	99.962	0.217
2.813-2.982	0.268	121	0.203	2362	0.207	2484	0.892	0.916	99.9597	0.209
2.982-3.186	0.287	131	0.196	2220	0.201	2352	0.895	0.926	99.9575	0.209
3.186-3.439	0.212	104	0.191	2073	0.192	2177	0.932	0.938	100	0.208
3.439-3.764	0.229	98	0.177	1883	0.179	1982	0.931	0.947	99.9495	0.198
3.764-4.202	0.198	97	0.165	1756	0.166	1853	0.946	0.956	100	0.192
4.202-4.841	0.199	83	0.16	1524	0.163	1607	0.953	0.958	100	0.191
4.841-5.901	0.242	78	0.184	1292	0.188	1371	0.942	0.951	99.9271	0.226
5.901-8.231	0.255	58	0.208	1017	0.211	1075	0.937	0.942	100	0.248
8.231-35.301	0.227	26	0.181	615	0.183	646	0.954	0.959	99.226	0.225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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