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Yorodumi- PDB-7wyg: Crystal structure of P450BSbeta-L78I/Q85H/G290I variant in comple... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7wyg | ||||||
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Title | Crystal structure of P450BSbeta-L78I/Q85H/G290I variant in complex with palmitic acid. | ||||||
Components | Cytochrome P450 152A1 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Li, F. / He, C. / Wang, X. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2022 Title: Biocatalytic Enantioselective beta-Hydroxylation of Unactivated C-H Bonds in Aliphatic Carboxylic Acids. Authors: Zhang, K. / Yu, A. / Chu, X. / Li, F. / Liu, J. / Liu, L. / Bai, W.J. / He, C. / Wang, X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7wyg.cif.gz | 352.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7wyg.ent.gz | 287.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7wyg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7wyg_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7wyg_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 7wyg_validation.xml.gz | 35.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7wyg_validation.cif.gz | 50.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/7wyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/7wyg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1izoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 48386.320 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L78I, Q85H, G290I valiant Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Gene: B4417_1418 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A164W6Q6 |
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-Non-polymers , 5 types, 462 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 38 % PEG 200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9791 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 29, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→57.7 Å / Num. obs: 81571 / % possible obs: 90.5 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 37.79 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 20.9 / Num. measured all: 506270 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1IZO Resolution: 2→50.98 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 109.74 Å2 / Biso mean: 43.03 Å2 / Biso min: 23.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→50.98 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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