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- PDB-7wyg: Crystal structure of P450BSbeta-L78I/Q85H/G290I variant in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wyg
タイトルCrystal structure of P450BSbeta-L78I/Q85H/G290I variant in complex with palmitic acid.
要素Cytochrome P450 152A1
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PALMITOLEIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cytochrome P450 152A1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, F. / He, C. / Wang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171410 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Biocatalytic Enantioselective beta-Hydroxylation of Unactivated C-H Bonds in Aliphatic Carboxylic Acids.
著者: Zhang, K. / Yu, A. / Chu, X. / Li, F. / Liu, J. / Liu, L. / Bai, W.J. / He, C. / Wang, X.
履歴
登録2022年2月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 152A1
B: Cytochrome P450 152A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,62418
ポリマ－96,7732
非ポリマー2,85216
水8,035446
1
A: Cytochrome P450 152A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,13012
ポリマ－48,3861
非ポリマー1,74411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 152A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4946
ポリマ－48,3861
非ポリマー1,1075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.646, 125.646, 145.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-616-

HOH

21A-846-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome P450 152A1


分子量: 48386.320 Da / 分子数: 2 / 変異: L78I, Q85H, G290I valiant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_1418 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164W6Q6

-
非ポリマー , 5種, 462分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID


分子量: 254.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.19 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 38 % PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→57.7 Å / Num. obs: 81571 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 37.79 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 20.9 / Num. measured all: 506270 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.043.30.6231572847300.6740.3870.741.897.5
10.39-57.75.50.02139557140.9990.0090.02262.997.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
PHENIX1.19-4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IZO

1izo


解像度: 2→50.98 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 4026 4.94 %
Rwork0.1743 77523 -
obs0.1759 81549 90.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.74 Å2 / Biso mean: 43.03 Å2 / Biso min: 23.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6624 0 194 446 7264
Biso mean--42.06 44.87 -
残基数----816
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.020.30021610.2552810297197
2.02-2.050.28091380.24642871300998
2.05-2.070.3155580.254970376125
2.07-2.10.26371300.2412508263888
2.1-2.130.25211620.201429653127100
2.13-2.160.22071860.199128673053100
2.16-2.190.20721630.199729023065100
2.19-2.230.24081640.19529123076100
2.23-2.260.2849590.21391250130942
2.26-2.30.25371700.179928893059100
2.3-2.340.19661470.169829543101100
2.34-2.390.18371280.165829593087100
2.39-2.440.1981390.17429583097100
2.44-2.490.20321640.168529103074100
2.49-2.550.20241590.173729303089100
2.55-2.610.21361680.176329553123100
2.61-2.640.2183660.18981300136697
2.69-2.760.21231280.19422725285397
2.76-2.850.24651470.204429563103100
2.85-2.950.26361620.197929233085100
2.95-3.070.23031330.195229733106100
3.07-3.210.21411500.189429813131100
3.21-3.380.23511550.188629593114100
3.38-3.590.20391010.16572088218970
3.59-3.870.19071280.16082481260984
3.91-4.260.17191270.14632582270999
4.26-4.880.18211570.143629963153100
4.88-6.140.211380.163630543192100
6.14-50.980.17961380.16653162330099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8108-0.21010.2361.228-0.15781.2457-0.08950.03160.0701-0.11220.03450.1543-0.057-0.15170.05160.3394-0.0299-0.07370.3823-0.04130.307133.0172-38.844121.2023
21.0720.14-0.05481.11670.25981.0783-0.01320.0288-0.05660.0163-0.08590.19150.0562-0.1110.08940.273-0.00530.0110.2502-0.0520.327642.3566-14.657461.6451
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 6 through 416)B6 - 416
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 12 through 416)A12 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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