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万見
- PDB-7wy3: Structure of the Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX-Reconstituted CYP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wy3
タイトルStructure of the Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX-Reconstituted CYP102A1 F87V Mutant Haem Domain with N-(5-Cyclohexyl)valeroyl-L-Phenylalanine in complex with Styrene
要素Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / unspecific monooxygenase / aromatase activity / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GKX / Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX / ethenylbenzene / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Priestia megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Suzuki, K. / Stanfield, J.K. / Shisaka, Y. / Omura, K. / Kasai, C. / Sugimoto, H. / Shoji, O.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR15P3 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP15H05806 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18J23340 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18J15250 日本
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: A Compound I Mimic Reveals the Transient Active Species of a Cytochrome P450 Enzyme: Insight into the Stereoselectivity of P450-Catalysed Oxidations.
著者: Suzuki, K. / Stanfield, J.K. / Omura, K. / Shisaka, Y. / Ariyasu, S. / Kasai, C. / Aiba, Y. / Sugimoto, H. / Shoji, O.
履歴
登録2022年2月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,09024
ポリマ－104,5052
非ポリマー3,58522
水8,791488
1
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,04512
ポリマ－52,2531
非ポリマー1,79211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
2
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,04512
ポリマ－52,2531
非ポリマー1,79211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.670, 128.380, 148.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 455 / Label seq-ID: 3 - 456

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase


分子量: 52252.617 Da / 分子数: 2 / 変異: F87V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Priestia megaterium (バクテリア)
遺伝子: BTA37_15100 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1Q8UP87, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase

-
非ポリマー , 6種, 510分子

#2: 化合物 ChemComp-MI9 / Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX


分子量: 676.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H36MoN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GKX / (2~{S})-2-(5-cyclohexylpentanoylamino)-3-phenyl-propanoic acid


分子量: 331.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SYN / ethenylbenzene / styrene / スチレン


分子量: 104.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: PEG8000, Magnesium Chloride, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.58 Å / Num. obs: 148461 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.794 % / Biso Wilson estimate: 31.613 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 0.822 / Net I/σ(I): 8.08 / Num. measured all: 1454036 / Scaling rejects: 549
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.649.9122.0791.2310766510865108620.5542.19100
1.64-1.699.7981.671.4910373510587105870.6421.76100
1.69-1.749.5611.2761.929868810322103220.7531.347100
1.74-1.799.4290.9882.399460510034100330.8331.044100
1.79-1.859.4690.7593.0791727968896870.8910.802100
1.85-1.9110.0870.594.0195103942894280.9410.621100
1.91-1.9810.0610.4395.1591259907290710.9650.462100
1.98-2.0710.0190.3356.4987489873287320.9740.353100
2.07-2.169.7790.2617.8282577844484440.9850.276100
2.16-2.269.5390.219.2376704804180410.990.222100
2.26-2.399.6470.18110.5373938766476640.9920.191100
2.39-2.5310.3360.15812.0975177727372730.9940.166100
2.53-2.710.190.14313.2969549682568250.9930.151100
2.7-2.929.9740.12914.7163836640164000.9960.136100
2.92-3.29.3890.11815.7655262588658860.9960.125100
3.2-3.589.5920.10717.9151375535853560.9950.114100
3.58-4.1310.2270.09919.9448570474947490.9970.104100
4.13-5.069.820.08720.1539830405740560.9970.091100
5.06-7.169.1110.07918.6529100319431940.9970.083100
7.16-48.589.6420.05520.0317847185918510.9980.05999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WSP

3wsp


解像度: 1.6→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 4.413 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1959 7440 5 %RANDOM
Rwork0.1478 ---
obs0.1502 141021 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 183.78 Å2 / Biso mean: 30.556 Å2 / Biso min: 17.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å2-0 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7320 0 250 488 8058
Biso mean--40.13 38.01 -
残基数----908
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0138345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.67411374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3541.60418197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.56151043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.9123.597442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45151490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1291543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021683
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.17316125
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16367 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 521 -
Rwork0.305 10325 -
all-10846 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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