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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wwx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Herbaspirillum huttiense L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD bound form) | ||||||
![]() | NAD(P)-dependent dehydrogenase (Short-subunit alcohol dehydrogenase family) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / L-ARABINOSE METABOLISM / NAD-DEPENDENT DEHYDROGENASE / SDR PROTEIN FAMILY | ||||||
機能・相同性 | NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Matsubara, R. / Yoshiwara, K. / Watanabe, Y. / Watanabe, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of L-arabinose 1-dehydrogenase as a short-chain reductase/dehydrogenase protein. 著者: Watanabe, S. / Yoshiwara, K. / Matsubara, R. / Watanabe, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3nugS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29717.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: DFS02_4196 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium formate, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.36→42.82 Å / Num. obs: 114656 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.236 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.249 / Net I/σ(I): 8.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3NUG 解像度: 1.36→42.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 0.979 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.82 Å2 / Biso mean: 12.04 Å2 / Biso min: 5.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.36→42.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.36→1.395 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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