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- PDB-7www: Crystal Structure of Moonlighting GAPDH protein of Lactobacillus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7www
タイトルCrystal Structure of Moonlighting GAPDH protein of Lactobacillus gasseri
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE / NAD / Attenuates allergic asthma / Immunometabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus gasseri (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Jeng, W.Y. / Chen, P.C. / Wang, J.Y.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)NSC 102-2311-B-006-006-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)107-2314-B-006 -046 -MY3 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Moonlighting GAPDH protein of Lactobacillus gasseri attenuates allergic asthma via immunometabolism change in macrophages
著者: Chen, P.C. / Hsieh, M.H. / Kuo, W.S. / Wu, L.S.H. / Kao, H.F. / Liu, L.F. / Liu, Z.G. / Jeng, W.Y. / Wang, J.Y.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1383
ポリマ－37,4121
非ポリマー7252
水4,450247
1
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,55112
ポリマ－149,6494
非ポリマー2,9028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_547y+1/2,x-1/2,-z+5/21
crystal symmetry operation10_875-x+3,-y+2,z1
crystal symmetry operation16_777-y+5/2,-x+5/2,-z+5/21
Buried area20240 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area43560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.922, 114.922, 118.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 37412.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus gasseri (乳酸菌)
遺伝子: gap, BXT97_01160, C3745_09540, F8244_01270, GTH50_07620
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V3Y2M1
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 16% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月1日
詳細: VERTICALLY COLLIMATING PREMIRROR, TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: LN2-COOLED FIXED-EXIT DOUBLECRYSTAL SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→30 Å / Num. obs: 32168 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 1.325 / Net I/σ(I): 41.7
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 3031 / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.165 / Rrim(I) all: 0.572 / Χ2: 1.108 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LVF

3lvf


解像度: 1.88→29.673 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 8.555 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.127
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1625 5.072 %RANDOM
Rwork0.1344 30413 --
all0.138 ---
obs-32038 98.469 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.881 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.676 Å20 Å2-0 Å2
2---0.676 Å20 Å2
3---1.352 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→29.673 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2534 0 48 247 2829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.6613577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7625335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33223.217115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.38315432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.221512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021933
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.21836
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1540.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1910.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3843.8251343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1645.721677
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.1924.011285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5395.8781900
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.84553.5644041
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.53832628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.9810.3132400.2034180X-RAY DIFFRACTION94.8701
1.981-2.1010.242400.1514056X-RAY DIFFRACTION97.019
2.101-2.2450.2451950.1383939X-RAY DIFFRACTION99.6385
2.245-2.4240.2371910.1233674X-RAY DIFFRACTION99.5108
2.424-2.6540.241790.1243400X-RAY DIFFRACTION99.5826
2.654-2.9640.2191690.1323094X-RAY DIFFRACTION99.5424
2.964-3.4170.2121540.1452721X-RAY DIFFRACTION99.6534
3.417-4.1710.1961260.1252351X-RAY DIFFRACTION99.438
4.171-5.8430.164780.1111872X-RAY DIFFRACTION99.6423
5.843-29.6730.217530.1541124X-RAY DIFFRACTION98.5762
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 152.0421 Å / Origin y: 114.8557 Å / Origin z: 135.5388 Å
111213212223313233
T0.0041 Å2-0.0005 Å20 Å2-0.003 Å2-0.0008 Å2--0.1619 Å2
L0.0218 °20.0029 °20.0193 °2-0.0754 °2-0.002 °2--0.0175 °2
S0.0002 Å °-0.0045 Å °-0.0091 Å °-0.0158 Å °0.0075 Å °-0.0166 Å °0.0003 Å °-0.0048 Å °-0.0077 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA3 - 338
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA401
3X-RAY DIFFRACTION1ALLA402
4X-RAY DIFFRACTION1ALLA501 - 747

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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