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- PDB-7wwr: Structure of a triple-helix region of human collagen type III fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wwr
タイトルStructure of a triple-helix region of human collagen type III from Trautec
要素Collagen alpha-1(III) chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Human collagen type III Triple-helix region Crystal structure Integrin recognition motif
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen type III trimer / aorta smooth muscle tissue morphogenesis / limb joint morphogenesis / transforming growth factor beta1 production / elastic fiber assembly / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / negative regulation of neuron migration / endochondral bone morphogenesis / platelet-derived growth factor binding ...collagen type III trimer / aorta smooth muscle tissue morphogenesis / limb joint morphogenesis / transforming growth factor beta1 production / elastic fiber assembly / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / negative regulation of neuron migration / endochondral bone morphogenesis / platelet-derived growth factor binding / Extracellular matrix organization / negative regulation of immune response / layer formation in cerebral cortex / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / basement membrane organization / peptide cross-linking / Signaling by PDGF / tissue homeostasis / response to angiotensin / NCAM1 interactions / collagen fibril organization / digestive tract development / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / extracellular matrix structural constituent / MET activates PTK2 signaling / Scavenging by Class A Receptors / skin development / Syndecan interactions / positive regulation of Rho protein signal transduction / SMAD binding / Collagen degradation / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / chondrocyte differentiation / Integrin cell surface interactions / supramolecular fiber organization / response to cytokine / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / lung development / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / cellular response to amino acid stimulus / wound healing / response to radiation / cerebral cortex development / platelet activation / multicellular organism growth / integrin binding / neuron migration / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / : / heart development / protease binding / fibroblast proliferation / in utero embryonic development / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / : / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain ...Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / : / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies)
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-1(III) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Qian, S. / Li, H. / Fan, X. / Tian, X. / Li, J. / Wang, L. / Chu, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a triple-helix region of human collagen type III from Trautec
著者: Qian, S. / Li, H. / Fan, X. / Tian, X. / Li, J. / Wang, L. / Chu, Y.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_type / citation / struct
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.title / _struct.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen alpha-1(III) chain
B: Collagen alpha-1(III) chain
C: Collagen alpha-1(III) chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2443
ポリマ－8,2443
非ポリマー00
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area5710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.809, 21.325, 57.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.651, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Collagen alpha-1(III) chain


分子量: 2747.928 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02461
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MIB pH5.0, 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.7749 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→28.76 Å / Num. obs: 14504 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.067 / Num. unique obs: 738

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CUO

2cuo


解像度: 1.3→23.772 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 1.644 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 764 5.27 %
Rwork0.1368 13733 -
all0.14 --
obs-14497 99.547 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 8.872 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.079 Å20 Å20.134 Å2
2---1.114 Å2-0 Å2
3---1.166 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→23.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数582 0 0 189 771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.012630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.016531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0341.748891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2291.561308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.054593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.3662012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.3941542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.395153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1710.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0890.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.090.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1550.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2260.239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2850.688363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2830.685361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5911.023450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5871.023450
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8380.873267
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8210.873267
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0341.287438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.031.286438
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.77711.99801
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.36210.837739
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.78331161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.3340.197450.1151043X-RAY DIFFRACTION98.9991
1.334-1.370.188420.122951X-RAY DIFFRACTION99.499
1.37-1.410.22530.132960X-RAY DIFFRACTION99.4112
1.41-1.4530.176580.126922X-RAY DIFFRACTION99.4924
1.453-1.5010.195410.111900X-RAY DIFFRACTION99.7879
1.501-1.5540.144540.104856X-RAY DIFFRACTION99.6714
1.554-1.6120.165490.111847X-RAY DIFFRACTION99.5556
1.612-1.6780.175390.12814X-RAY DIFFRACTION99.8829
1.678-1.7530.193480.123766X-RAY DIFFRACTION99.7549
1.753-1.8380.17410.124738X-RAY DIFFRACTION98.7326
1.838-1.9370.144440.122711X-RAY DIFFRACTION99.7358
1.937-2.0550.16530.121647X-RAY DIFFRACTION99.5733
2.055-2.1970.194360.122641X-RAY DIFFRACTION99.8525
2.197-2.3720.173290.126607X-RAY DIFFRACTION99.843
2.372-2.5980.156290.133543X-RAY DIFFRACTION100
2.598-2.9040.184300.144491X-RAY DIFFRACTION99.6176
2.904-3.3520.204250.166440X-RAY DIFFRACTION100
3.352-4.1020.233180.156389X-RAY DIFFRACTION99.511
4.102-5.7860.277190.205296X-RAY DIFFRACTION100
5.786-23.7720.683110.369171X-RAY DIFFRACTION96.8085

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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