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- PDB-7wwd: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Sfh2 complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wwd
タイトルCrystal structure of Saccharomyces cerevisiae Sfh2 complexed with squalene
要素Phosphatidylinositol transfer protein CSR1
キーワードLIPID TRANSPORT / Sec14 / phosphatidylinositol / squalene / transport
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / phosphatidylinositol transfer activity / prospore membrane / phosphatidylinositol metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / Golgi to plasma membrane transport / Golgi to plasma membrane protein transport / phospholipid transport / phospholipid catabolic process ...negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / phosphatidylinositol transfer activity / prospore membrane / phosphatidylinositol metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / Golgi to plasma membrane transport / Golgi to plasma membrane protein transport / phospholipid transport / phospholipid catabolic process / lipid droplet / endosome / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SQL / Phosphatidylinositol transfer protein CSR1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Chen, L. / Tan, L. / Im, Y.J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1085530 韓国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis of ligand recognition and transport by Sfh2, a yeast phosphatidylinositol transfer protein of the Sec14 superfamily.
著者: Chen, L. / Tan, L. / Im, Y.J.
履歴
登録2022年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol transfer protein CSR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9812
ポリマ－46,5711
非ポリマー4111
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17070 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.403, 78.278, 54.166
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.113, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol transfer protein CSR1 / CHS5 SPA2 rescue protein 1 / SEC14 homolog protein 2


分子量: 46570.641 Da / 分子数: 1 / 変異: deletion of loop residues (44-49 and 61-66) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: CSR1, SFH2, YLR380W / プラスミド: pHIS2-Thr
詳細 (発現宿主): N-terminal thrombin cleavable hexahistidine-tag
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06705
#2: 化合物 ChemComp-SQL / (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene / squalene / スクアレン


分子量: 410.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H50 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.0 0.1M KNO3, 30% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 13881 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28.63 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 2.39→2.44 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 700 / CC1/2: 0.921 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.39→32.66 Å / SU ML: 0.2802 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4807 / 詳細: AlphaFold Q06705 was used as the starting model.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 1388 10.03 %
Rwork0.1996 12449 -
obs0.2059 13837 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→32.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2957 0 30 88 3075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01463063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.71894157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0957452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0136528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.52681839
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.480.29721330.22211207X-RAY DIFFRACTION94.04
2.48-2.580.3511490.23991285X-RAY DIFFRACTION99.93
2.58-2.70.33221390.24081272X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.840.30041410.24751261X-RAY DIFFRACTION99.79
2.84-3.010.30421470.23691288X-RAY DIFFRACTION99.93
3.01-3.250.32091440.24361292X-RAY DIFFRACTION99.93
3.25-3.570.2741420.2051273X-RAY DIFFRACTION99.02
3.57-4.090.22581060.1925960X-RAY DIFFRACTION74.13
4.09-5.150.19581430.1541292X-RAY DIFFRACTION99.72
5.15-32.660.21691440.15371319X-RAY DIFFRACTION99.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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