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- PDB-7wvh: Structure of NAD+ glycohydrolase/Streptolysin O complex from Grou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wvh
タイトルStructure of NAD+ glycohydrolase/Streptolysin O complex from Group A streptococcus
要素
  • NAD+-glycohydrolase
  • Streptolysin O
キーワードTOXIN / Group A streptococcus / toxins / protein complex / SLO / NADase
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis in another organism / cholesterol binding / toxin activity / hydrolase activity / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotine adenine dinucleotide glycohydrolase / NAD glycohydrolase, helical linker domain / Nicotine adenine dinucleotide glycohydrolase (NADase) / Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD+-glycohydrolase / Streptolysin O
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes A20 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Tsai, W.-J. / Wang, S.-Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST 109-2320-B-006-066 台湾
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis underlying the synergism of NADase and SLO during group A Streptococcus infection.
著者: Tsai, W.J. / Lai, Y.H. / Shi, Y.A. / Hammel, M. / Duff, A.P. / Whitten, A.E. / Wilde, K.L. / Wu, C.M. / Knott, R. / Jeng, U.S. / Kang, C.Y. / Hsu, C.Y. / Wu, J.L. / Tsai, P.J. / Chiang-Ni, C. ...著者: Tsai, W.J. / Lai, Y.H. / Shi, Y.A. / Hammel, M. / Duff, A.P. / Whitten, A.E. / Wilde, K.L. / Wu, C.M. / Knott, R. / Jeng, U.S. / Kang, C.Y. / Hsu, C.Y. / Wu, J.L. / Tsai, P.J. / Chiang-Ni, C. / Wu, J.J. / Lin, Y.S. / Liu, C.C. / Senda, T. / Wang, S.
履歴
登録2022年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD+-glycohydrolase
D: Streptolysin O
C: Streptolysin O
B: NAD+-glycohydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,4544
ポリマ－167,4544
非ポリマー00
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SEC-SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)246.094, 52.477, 169.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NAD+-glycohydrolase


分子量: 30953.066 Da / 分子数: 2 / 変異: G330D, G368R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes A20 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: spn / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: D7S0C0
#2: タンパク質 Streptolysin O / SLO / Thiol-activated cytolysin


分子量: 52774.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes A20 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: slo, SPy_0167, M5005_Spy0141 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0I3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 17.5% PEG 3350, 100mM HEPES / PH範囲: 6.9-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 55058 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 0.926 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / Num. unique obs: 985 / CC1/2: 0.874

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KT6, 4HSC

4kt6

4hsc


解像度: 2.45→26.12 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 2836 5.15 %
Rwork0.2131 --
obs0.2158 55058 92.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→26.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10978 0 0 326 11304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20415037
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2931460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081911
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.490.2937750.2621212X-RAY DIFFRACTION43
2.49-2.540.3396760.26481606X-RAY DIFFRACTION57
2.54-2.590.27611230.25151928X-RAY DIFFRACTION70
2.59-2.640.30291410.24882336X-RAY DIFFRACTION83
2.64-2.70.29461150.26632623X-RAY DIFFRACTION93
2.7-2.760.34291480.27642830X-RAY DIFFRACTION99
2.76-2.830.30041290.27292754X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.910.31461180.26032901X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.990.32431400.26212798X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.090.27561580.24162833X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.20.31931570.24732763X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.330.26832080.24152819X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.480.26441550.22522799X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.660.29221770.21452786X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.890.29441620.19862829X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.190.23011450.19152842X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.610.20421340.16772868X-RAY DIFFRACTION100
4.61-5.270.21951590.16882899X-RAY DIFFRACTION100
5.27-6.620.24091840.1992845X-RAY DIFFRACTION100
6.62-26.120.22791320.17742951X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.647 Å / Origin y: -11.7148 Å / Origin z: 32.2377 Å
111213212223313233
T0.315 Å2-0.0228 Å20.0079 Å2-0.2294 Å2-0.0171 Å2--0.2735 Å2
L1.4259 °20.0484 °20.0993 °2-0.03 °2-0.0401 °2--0.1095 °2
S-0.0781 Å °0.4587 Å °-0.0185 Å °-0.0426 Å °0.055 Å °-0.0075 Å °0.0008 Å °0.0312 Å °0.0195 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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