[日本語] English
万見
- PDB-7wvd: Crystal structure of H14 complexed with SIA28 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wvd
タイトルCrystal structure of H14 complexed with SIA28
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • Heavy chain of SIA28
  • Light chain of SIA28
キーワードVIRUS / Influenza Virus / Hemagglutinin / Monoclonal Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins ...Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Chen, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for a human broadly neutralizing influenza A hemagglutinin stem-specific antibody including H17/18 subtypes.
著者: Chen, Y. / Wang, F. / Yin, L. / Jiang, H. / Lu, X. / Bi, Y. / Zhang, W. / Shi, Y. / Burioni, R. / Tong, Z. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Heavy chain of SIA28
H: Light chain of SIA28
I: Heavy chain of SIA28
J: Light chain of SIA28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,78415
ポリマ－213,86510
非ポリマー1,9195
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42040 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area73540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.662, 120.990, 129.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 34784.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/mallard/Wisconsin/10OS3941/2010(H14N6) / 遺伝子: HA
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: L7YN49
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 19922.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A0A5C1ZLI8

-
抗体 , 2種, 4分子 GIHJ

#3: 抗体 Heavy chain of SIA28


分子量: 13501.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Light chain of SIA28


分子量: 11370.739 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 2種, 5分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris 5 % w/v PGA-LM 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→50 Å / Num. obs: 36855 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 61.99 Å2 / CC1/2: 0.963 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Num. unique obs: 3591 / CC1/2: 0.509

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3eyj

3eyj


解像度: 3.39→49.72 Å / SU ML: 0.4499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.886
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 1615 4.95 %
Rwork0.2212 31022 -
obs0.2232 32637 86.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.39→49.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15000 0 126 0 15126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.585420929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00422729
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.26775628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.39-3.490.38610.32831047X-RAY DIFFRACTION35.82
3.49-3.60.42081040.29981628X-RAY DIFFRACTION56.07
3.6-3.730.29761290.27322152X-RAY DIFFRACTION73.58
3.73-3.880.33771470.27672571X-RAY DIFFRACTION87.06
3.88-4.060.30361320.26322837X-RAY DIFFRACTION95.16
4.06-4.270.29981340.23392907X-RAY DIFFRACTION97.97
4.27-4.540.25041520.20612942X-RAY DIFFRACTION98.72
4.54-4.890.24691580.19452958X-RAY DIFFRACTION99.3
4.89-5.380.22951560.18832970X-RAY DIFFRACTION99.74
5.38-6.160.26171490.20452970X-RAY DIFFRACTION99.65
6.16-7.750.2181460.20782993X-RAY DIFFRACTION99.71
7.76-49.720.18551470.18973047X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21026450798-0.134576861795-0.6277536099520.4161643907150.03723900559870.930634087595-0.00621896692019-0.09378511965990.100703120009-0.06205464736840.0404964482364-0.119366235260.1802443584560.281018928401-0.06491112697220.2660563883670.0439468473613-0.02926667921910.241101036806-0.01209042270010.3001774410694.93328781736-1.8090707372719.4895579595
20.6811574824320.0322835346675-0.3491367787820.750287635141-0.1940978929661.786949768050.0512704624869-0.4485845490410.1029858565040.237017873060.0562818833640.09918564668430.03130716388630.140236571094-0.02161383649050.3228941902750.0463497440525-0.02154311912310.371169932091-0.04460448029190.256826672608-28.779489562-0.0079469194620858.1068446682
30.852812132829-0.301457761107-0.5667058321390.422064847883-0.235306292111.161690874880.01726714847770.204323341386-0.145563546921-0.146226583277-0.17850524989-0.02686812273570.173721756425-0.0217728475198-0.002428451841660.412133319858-0.0497301339576-0.08026596798090.253709641561-0.06541269251570.274400889015-19.4794348155-14.40999541362.53058851409
41.145971978270.228243931402-0.7268282984090.74682156492-0.415293821220.820010234-0.161417243-0.156273375392-0.08985182715720.1015374268960.04675437540060.1577071703770.1733505803580.0458900569541-0.04171667078310.2893994811890.004016386343280.03669003033810.320766583888-0.02823600517040.310007153472-42.7983525374-11.963689271248.3244790099
50.7246566947360.0174304393941-0.4381460185620.387757934211-0.2945282775691.269222818740.2121837925410.2461453322090.222008989274-0.04433025422-0.0557162321905-0.00226850395737-0.170302849616-0.000108944833193-0.09841772003550.355636998979-0.02177226595420.019368341620.225481113065-0.001676752308290.35229556153-16.80926802117.34991041775.44927656377
61.26427582938-0.441908868294-0.6392328928790.3470547267870.2735727951741.3970915916-0.0396032311899-0.0451239563027-0.01229081260310.0935713748454-0.01437377776110.151340588813-0.309486375832-0.336188887833-0.1420767414230.3616833528190.002244081223510.03011500132630.284118797612-0.03293269820310.396002494279-44.63364980798.8902518637247.665242135
72.113779462530.3847127098690.09147110995871.331262956790.1934530619531.411701341290.4065781178260.212578669419-0.4453335251710.0848640533051-0.1495743746970.1868453837060.421986947983-0.393632774407-0.0454605387760.413740407382-0.0933332273651-0.03246220851370.4827741514710.0470822047210.448474586607-65.3857556585-32.121626457839.4321592707
80.5819013162520.2229720495930.1681372893630.584852089067-0.6910333128681.81894941310.1021417286750.9372008247010.3128159404590.00638382745218-0.283268307404-0.229139490671-0.0910004459814-0.145339872802-0.06897627995260.4883471364340.1233238343970.02058699018650.8936071993890.1686243087340.427188432034-58.0339126578-18.248737356624.1329509992
90.249908621675-0.0283915000085-0.23867227792.1218473046-0.4352754715980.3258912387660.0826163953505-0.4321950027681.40645534619-0.1986466647730.0874183556204-0.0112008659737-0.3344770510220.1515729948430.3950189261680.578172403298-0.02280065727040.3098168624890.532224342263-0.2637119344921.58264175464-50.985072552339.575375635748.4029931775
101.024262273580.475945616584-0.4224535028260.565792237429-0.1617302042360.2901421711260.359711303664-0.05281781945370.8702832787-0.287054309930.056395875822-0.199377184928-0.5315381265820.727142850029-0.05940041595930.645960252639-0.1696416238550.213453301360.957097113085-0.2424492610891.47593679083-30.70352451633.320736764342.9261548591
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain AAA8 - 4021
22chain BBB1 - 1721 - 172
33chain CCC8 - 5021
44chain DDD1 - 1721 - 172
55chain EEE8 - 5011
66chain FFF1 - 1721 - 172
77chain GGG31 - 1541 - 124
88chain HHH43 - 1491 - 107
99chain III31 - 1541 - 124
1010chain JJJ43 - 1491 - 107

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る