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- PDB-7wuz: Structural study of the complex of cblC methylmalonic aciduria an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wuz
タイトルStructural study of the complex of cblC methylmalonic aciduria and homocysteinuria-related protein MMACHC with cyanocobalamin
要素Cyanocobalamin reductase / alkylcobalamin dealkylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / MMACHC / cyanocobalamin / vitamin B12 / complex structure / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cyanocobalamin reductase / alkylcobalamin dealkylase / Defective MMACHC causes MAHCC / cyanocobalamin reductase (cyanide-eliminating) (NADP+) activity / Defective MMADHC causes MMAHCD / Cobalamin (Cbl) metabolism / cobalamin metabolic process / demethylase activity / demethylation / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups ...cyanocobalamin reductase / alkylcobalamin dealkylase / Defective MMACHC causes MAHCC / cyanocobalamin reductase (cyanide-eliminating) (NADP+) activity / Defective MMADHC causes MMAHCD / Cobalamin (Cbl) metabolism / cobalamin metabolic process / demethylase activity / demethylation / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / glutathione binding / cobalamin binding / glutathione metabolic process / FAD binding / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C family / Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C family
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANOCOBALAMIN / L(+)-TARTARIC ACID / Cyanocobalamin reductase / alkylcobalamin dealkylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Feng, Y. / Qin, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31100529 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural study of the complex of cblC methylmalonic aciduria and homocysteinuria-related protein MMACHC with cyanocobalamin
著者: Feng, Y. / Qin, X.
履歴
登録2022年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanocobalamin reductase / alkylcobalamin dealkylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1934
ポリマ－27,5911
非ポリマー1,6033
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.968, 96.327, 47.257
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cyanocobalamin reductase / alkylcobalamin dealkylase / Alkylcobalamin:glutathione S-alkyltransferase / CblC / Cyanocobalamin reductase (cyanide- ...Alkylcobalamin:glutathione S-alkyltransferase / CblC / Cyanocobalamin reductase (cyanide-eliminating) / Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C protein / MMACHC


分子量: 27590.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMACHC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y4U1, alkylcobalamin dealkylase, cyanocobalamin reductase
#2: 化合物 ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 2000MME, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→55.6 Å / Num. obs: 22121 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 24.44 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 114741 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.93-2.035.30.5651713332130.8660.2650.6253.296.9
6.1-55.64.80.04335867400.9980.020.04827.299

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.93→33.37 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2072 1077 4.87 %
Rwork0.1652 21030 -
obs0.1672 22107 96.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.67 Å2 / Biso mean: 28.9752 Å2 / Biso min: 11.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→33.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1950 0 108 206 2264
Biso mean--27.31 36.97 -
残基数----241
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.93-2.020.22411350.20452631276697
2.02-2.120.23171430.18872601274497
2.12-2.250.23981270.19582662278997
2.25-2.430.24191270.17542674280198
2.43-2.670.22741580.17662652281098
2.67-3.060.23141230.16632709283298
3.06-3.850.18941300.15112395252587
3.85-33.370.17421340.14782706284097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1275-0.22573.64391.3817-0.61633.34360.28490.3158-0.2826-0.087-0.02580.0911.14530.0983-0.24210.292-0.0032-0.03230.1373-0.01780.2207-30.5761-15.129511.6473
21.84360.5731.13761.47620.03573.93850.13820.0265-0.05210.0678-0.0398-0.02950.26320.3203-0.07220.12630.02830.02040.1325-0.02660.1399-21.1028-6.389620.4283
32.56720.03640.41832.9884-0.2712.4240.0190.2117-0.0436-0.1077-0.0794-0.0242-0.07850.25060.07090.1483-0.00280.00690.1497-0.00570.0983-20.20632.255315.7755
45.6135-1.5845-0.29318.2056-0.99574.51410.42860.04320.4308-0.5054-0.2763-0.117-0.34550.1144-0.06460.33210.0087-0.00880.1584-0.03840.2943-24.647222.787320.9699
51.42990.12490.2691.72430.42022.51-0.0092-0.08060.17180.0677-0.10270.2532-0.308-0.15250.08970.14020.00580.01230.1272-0.01490.1668-31.08735.513222.3364
66.5639-1.20731.14483.12880.7314.4661-0.0691-0.07820.14340.0770.0232-0.17150.2185-0.04690.01850.2482-0.01520.03310.1872-0.00160.1015-18.5824-2.287440.2744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 19 )A-1 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 94 )A20 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 134 )A95 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 135 through 147 )A135 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 148 through 216 )A148 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 217 through 239 )A217 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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