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万見
- PDB-7wuo: Unravelling structure of riboflavin synthase for designing of pot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wuo
タイトルUnravelling structure of riboflavin synthase for designing of potential anti-bacterial drug
要素Riboflavin synthase
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / riboflavin / antibacterial
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin synthase / riboflavin synthase activity
類似検索 - 分子機能
Lumazine-binding protein / Lumazine-binding domain / Lumazine binding domain / Riboflavin synthase alpha chain lumazine-binding repeat profile. / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Riboflavin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira kmetyi serovar Malaysia str. Bejo-Iso9 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Aris, S.N.A.M. / Leow, A.T.C. / Motomura, T. / Jonet, M.A.
資金援助 マレーシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science, Technology and Innovation (MOSTI, Malaysia)02-01-04-SF1321 マレーシア
引用ジャーナル: J.Mol.Struct. / 年: 2022
タイトル: Unraveling the crystal structure of Leptospira kmetyi riboflavin synthase and computational analyses for potential development of new antibacterials
著者: Aris, S.N.A.M. / Rahman, R.N.Z.R.A. / Ali, M.S.M. / Jonet, M.A. / Motomura, T. / Noor, N.D.M. / Shariff, F.M. / Hsu, K.C. / Chor, L.T.
履歴
登録2022年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Riboflavin synthase
B: Riboflavin synthase
C: Riboflavin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8945
ポリマ－69,6823
非ポリマー2122
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.559, 130.632, 202.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-401-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 201 / Label seq-ID: 1 - 201

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Riboflavin synthase


分子量: 23227.416 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira kmetyi serovar Malaysia str. Bejo-Iso9 (バクテリア)
遺伝子: EHQ67_13285 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7I0ICZ8, riboflavin synthase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
非ポリマーの詳細The ligand should be polyethyleneglycol, because polyethyleneglycol has been used in both ...The ligand should be polyethyleneglycol, because polyethyleneglycol has been used in both crystallization formulation and as a cryoprotectant.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 % / 解説: Bullet shape
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1M MES monohydrate (pH 6.5), 10% w/v PEG MME 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日 / 詳細: dextris 200k
放射モノクロメーター: cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→40 Å / Num. obs: 13224 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1259 / CC1/2: 0.818 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000v714nデータ削減
HKL-3000v714nデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I8D

1i8d


解像度: 3.19→27.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 24.531 / SU ML: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.526
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2638 636 4.8 %RANDOM
Rwork0.2182 ---
obs0.2204 12554 97.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.34 Å2 / Biso mean: 39.875 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2---2.54 Å2-0 Å2
3---2.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.19→27.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4604 0 14 27 4645
Biso mean--39.99 15.07 -
残基数----603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134688
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.6436349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2511.57310168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1935600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41522.591220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.41815810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8361528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02953
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A55120.15
12B55120.15
21A54460.17
22C54460.17
31B53120.17
32C53120.17
LS精密化 シェル解像度: 3.193→3.275 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 44 -
Rwork0.258 949 -
all-993 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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